أول من سكن المنطقة هم شعب بيغمي، لكن ومع هجرة شعب بانتو إلى المنطقة أصبحوا أكثر عدداً حتى استبدلوهم نهاية. هناك حالياً العديد من المجموعات القبلية في البلاد وأكبرها شعوب فانغ الذين يشكلون 25 ٪ من السكان.
وصل أول الأوروبيين (الملاح البرتغالي دييغو) إلى المنطقة في القرن الخامس عشر. يعود اسم البلاد الحالي إلى الاسم البرتغالي "غاباو" والذي مشتق من الكلمة العربية " قَبَاء " ولها نفس المعنى والذي هو تقريباً شكل مصب نهر كومو عند ليبرفيل. صول الهولنديون إلى المنطقة عام 1593. بينما وصل الفرنسيون للمنطقة عام 1630. قاد المستكشف الفرنسي بيير سافورنيا دو برازا حملته الأولى في منطقة الغابون والكونغو في عام 1875. أسس مدينة فرانسفيل وأصبح لاحقاً حاكماً للسطة الاستعمارية. عاش عدة جماعات من البانتو في المنطقة التي هي الآن الغابون عندما احتلتها فرنسا رسمياً في عام 1885 وأصبحت جمهورية ذاتية الحكم داخل الاتحاد الفرنسي بعد الحرب العالمية الثانية.
في عام 1910 أصبحت الغابون واحدة من أربعة أقاليم في أفريقيا الاستوائية الفرنسية وهو اتحاد دام حتى عام 1959. نالت هذه الأراضي استقلالها في 17 أغسطس 1960. انتخب أول رئيس للغابون في عام 1961 ليون إمبا بينما كان عمر بونغو أونديمبا نائباً للرئيس. كانت المصالح الفرنسية عنصراً حاسماً في تحديد مستقبل الزعامة في الغابون بعد الاستقلال. تدفقت الأموال الفرنسية في الحملة الانتخابية الناجحة لـ إمبا.
بعد وصول إمبا إلى السلطة قمع الصحافة وحظر المظاهرات السياسية كما فرضت قيود على حرية التعبير واستبعدت الأحزاب السياسية الأخرى تدريجياً عن السلطة وتم تغيير الدستور ليتماشى مع الخطوط الفرنسية في تمركز السلطة في الرئاسة التي شغلها إمبا نفسه. مع ذلك حل إمبا الجمعية الوطنية في يناير/ كانون الثاني عام 1964 وفرض نظام حكم الحزب الواحد، حاول أنقلاب عسكري الإطاحة به من السلطة واستعادة الديمقراطية البرلمانية. أصبح نظام إمبا الدكتاتوري رديفاً لعبارة "المصالح الفرنسية" حيث جرى إنزال مظلي فرنسي في غضون 24 ساعة لاستعادة إمبا إلى السلطة.
بعد بضعة أيام من القتال قضي على الانقلاب وسجن أغلب المعارضون، على الرغم من الاحتجاجات الواسعة وأعمال الشغب. لم تقلق الحكومة الفرنسية من الإدانة الدولية للتدخل وبقيت قوات المظليين في معسكر دوغول على مشارف عاصمة الجابون. عندما توفي إمبا عام 1967 حل مكانه بونغو واستمر رئيساً للدولة حتى وفاته عام 2009.