في القرن التاسع عشر، اندلعت الأعمال العدائية بين سكان تسوانا وقبائل نديبيلي الذين قاموا بعمليات توغل في أراضي تسوانا من الشمال الشرقي. تصاعدت التوترات مع المستوطنين البوير أيضاً من ترانسفال إلى الشرق. بعد النداءات التي وجهها قادة بتسوانا كاما الثالث وباتوين وسيبيل للحصول على المساعدة، وضعت الحكومة البريطانية "بيتشوانا لاند" تحت حمايتها في 31 مارس 1885. ظل الإقليم الشمالي تحت الإدارة المباشرة البريطانية باعتباره محمية بيتشوانالاند أو بوتسوانا الحالية، في حين أن الإقليم الجنوبي أصبح جزءاً من مستعمرة كيب تاون وهي الآن جزء من مقاطعة شمال غرب جنوب أفريقيا. غالبية الشعب المتحدث بالسيتسوانا يعيش حالياً في جنوب أفريقيا.
عندما تم تشكيل اتحاد جنوب أفريقيا في عام 1910 من المستعمرات البريطانية الرئيسية في المنطقة لم تدرج محمية بيتشوانالاند وباسوتولاند (الآن ليسوتو) وسوازيلاند، لكن جرى التخطيط لضمها لاحقاً. مع ذلك، طلبت مهمة غامضة للتشاور مع سكان تلك الأقاليم، وعلى الرغم من أن الحكومات المتعاقبة في جنوب أفريقيا سعت لنقل الأراضي إلا أن بريطانيا أبقت على التأخير وبالتالي لم يحدث الضم قط. أنهى انتخاب الحكومة الوطنية في 1948 التي أسست نظام الفصل العنصري وانسحاب جنوب أفريقيا من دول الكومنولث في عام 1961 أي احتمال لدمج تلك الأراضي لاحقاً في جنوب أفريقيا.
أسفر توسيع السلطة المركزية البريطانية وتطور الحكومة القبلية إلى إنشاء اثنين من المجالس الاستشارية عام 1920 لتمثيل كل من الأفارقة والأوروبيين. قلصت تشريعات 1934 حكم العشائر وقواها. تم تشكيل المجلس الاستشاري الأوروبي الأفريقي في عام 1951 وشكل دستور عام 1961 المجلس الاستشاري التشريعي.
في يونيو 1964، وافقت بريطانيا على مقترحات للحكم الذاتي الديمقراطي في بوتسوانا. تم نقل مقر الحكومة في عام 1965 من مافيكينغ في جنوب أفريقيا إلى غابورون المنشأة حديثاً والتي تقع بالقرب من حدودها. أدى دستور 1965 إلى أول انتخابات عامة والاستقلال في 30 سبتمبر 1966. انتخب سيريتيسي كاما، وهو زعيم في حركة الاستقلال والمطالب المشروعة لزعامة نغاواتو كأول رئيس للبلاد وأعيد انتخابه مرتين.
نقلت الرئاسة لنائب الرئيس كيت ماسيري والذي انتخب لاحقاً في 1984 وأعيد انتخابه في 1989 و 1994. تقاعد ماسيري من الرئاسة في 1998. انتقلت حينها الرئاسة لنائب الرئيس فيستوس موغاي والذي انتخب بعد ذلك في 1999 وأعيد انتخابه في 2004. انتقلت الرئاسة في 2008 لايان كاما (نجل الرئيس الأول)، والذي استقال من منصبه كزعيم لقوة دفاع بوتسوانا لتولي هذا الدور المدني.
كان النزاع طويل الأمد على الحدود الشمالية في قطاع كابريفي مع ناميبيا موضوعاً لحكم صادر عن محكمة العدل الدولية في ديسمبر 1999 والتي قضت بأن جزيرة كاسيكيلي تنتمي إلى بوتسوانا.