اكتشف الملاحون البرتغاليون جزيرتي ساتومي وبرنسيب في حدود سنة 1471 وكانت قبل هذا الاكتشاف غير مأهولة بالسكان أولمحاولة استيطانية ناجحة في سان تومي بدأت في 1493 من جانب ألفارو كامينه، الذي حصل على الأرض منحة من ولي العهد. برينسيبي قد تمت استيطانها في 1500 في إطار ترتيب مماثل.، وكان أول المستوطنين من اليهود وارباب السوابق، حيث كان من الصعب استقدام البرتغاليون فتم إرسال العناصر الغير مرغوب فيها من البرتغال إلى الجزيرتين أصبحت ساتومي مستعمرة برتغالية تحت سلطة ولى العهد البرتغالى في 1522 وتلتها برنسيب في 1573، بسبب التربة البركانية بدأت في البلاد الزراعة خاصة قصب السكر ،و بحلول القرن السابع عشر كانت من أهم منتجي السكر بفضل الزراعة الكثيفة بايدي عمال السخرة، لكن تدهور الإنتاج حتى القرن التاسع عشر فتم ادخال زراعات جديدة مثل الكاكاو والبن. مما اعاد البلاد إلى الرخاء من جديد. في عام 1908 كانت البلاد أكبر منتج للكاكاو في العالم ولا تزال للمحصول اهميته حتى الآن.

من الاستقلال حتى الآن
في سنة 1952 تكونت حركة من المنفين خارج البلاد تطالب بالاستقلال عن البرتغال. ذلك بعد أن قام ملاك الأراضي البرتغاليون بإخماد اضطرابات عمالية وقتل المئات من العمال الافارقة .في أبريا 1974 قام الجيش البرتغالي بثورة ناجحة في بلاده ضد الحكم الديكتاتوري. فقامت الحكومة البرتغالية الجديدة بانهاء المستعمرات البرتغالية بما فيها ساتومي وبرنسيب. تم نقل السلطة من المستعمر البرتغالي إلى حركة تحرير ساتومي وبرنسيب (MLSTP)التي كانت تتخذ من الجابون مقرا لها. اعلنت الحركة عن اختيار زعيمها مانول بينتو داكوستا الذي تلقى تدريبه في ألمانيا الشرقية رئيسا للجمهورية وحصلت البلاد على استقلاها في 12 يوليو 1975. في سنة 1987 أدخلت إصلاحات ديمقراطية في البلاد وفي سنة 1990 تم اجراء تعديلات على الدستور وإضفاء الصفة القانونية على الأحزاب السياسية المعارضة. أدت تلك الإصلاحات إلى انتخابات سنة 1991 التي كانت سلمية ونزيهة ،و فاز فيها ميغيل تروفوادا، رئيس الوزراء السابق الذي كان في المنفى منذ سنة 1986 ،ثم عاد كمرشح مستقل وانتخب رئيسا للبلاد.و في سنة 1995 وقع اتقلاب عسكري اخرج الرئيس من الحكم لمدة أسبوع ولكنه عاد إلى الحكم بعد فشل الانقلاب ورده على اعقابة بوساطة انجولا. ميغيل تروفواداأعيد انتخابه في ساو تومى في ثاني انتخابات رئاسية متعددة الأحزاب في سنة 1996.و فاز فيها على داكوستا. وفاز حزب الوفاق الديمقراطي (PCD) وفاق MLSTPو حصل على أغلبية المقاعد في الجمعية الوطنية، وأصبحت حركة تحرير ساتومي وبرنسيب MLSTP حزب الأقلية في البرلمان. ولكن في الانتخابات البلدية التي تمت وفي أواخر سنة 1992، عادت حركة تحرير ساتومي وبرنسيب MLSTP لتفوز بأغلبية المقاعد في خمسة من سبعة مجالس إقليمية. في اجراء انتخابات تشريعية مبكرة في تشرين الأول / أكتوبر 1994، زاد MLSTP من حصته من المقاعد في الجمعية الوطنية. ثم حصلت حركة تحرير ساتومي وبرنسيب على أغلبية مطلقة من المقاعد في انتخابات تشرين الثاني / نوفمبر 1998.أجريت الانتخابات الرئاسية في تموز / يوليو 2001. وفاز فيها المرشح المستقل المدعوم من حزب العمل الديمقراطي، فراديك دو مينيزيس، وانتخب في الجولة الأولى وو تسلم مهامة الرئاسية في 3 سبتمبر. وأجريت الانتخابات البرلمانية في آذار / مارس 2002. قام الجيش بالاستيلاء ى على السلطة لمدة أسبوع واحد في تموز / يوليه 2003، وقد كان الجيش متذمرا من الفساد، ويشكو من أن عائدات النفط القادمة لم يتم تقسيمها بعدالة. وتم التفاوض على اتفاق بشأن متطلبات الجيش في إطار الرئيس دي مينيزيس الذي كان عاد إلى المكتب.
في 30 يوليو 2006 اجريت الانتخابات الرئاسية، فراديك دو مينيزيس بسهولة فاز بولاية ثانية من خمس سنوات في منصبه حيث حصل على 60% من الاصوات، هزيمة اثنين من المرشحين الآخرين منهم باتريس تروفوادا (ابن الرئيس السابق ميغيل تروفوادا) الذي حصل على 38.5 ٪ من الاصوات.