Dès son indépendance en 1956, le Soudan est confronté à une première guerre civile opposant le gouvernement central de Khartoum à des mouvements armés sudistes revendiquant une plus grande autonomie (guerre Anya-Nya I, qui dure de 1955 à 1972). Les accords d’Addis Abeba en 1972 y mettent un terme en accordant une large autonomie au Sud du pays.
La dissolution de l’assemblée du Sud en 1981, puis l’abrogation du régime d’autonomie en juin 1983, ont déclenché la deuxième guerre civile (soulèvement de la garnison de Bor, mené par John Garang), renforcée par l’imposition de la charia en septembre 1983.
A la tête de l’Armée populaire de libération du Soudan (APLS) et de sa branche politique, le Mouvement populaire de libération du Soudan (MPLS), John Garang, ancien officier de l’armée soudanaise, parvient à contrôler une partie du territoire du Sud, ainsi que certaines zones du Nord (Nil Bleu et Kordofan méridional), avec le soutien de l’Ethiopie de Mengistu. Mais le conflit s’enlise rapidement, aucun des protagonistes ne parvenant à prendre le dessus militairement. Dans le même temps, le chef du MPLS développe un programme politique original, le "New Sudan", qui prône une meilleure répartition du pouvoir et des richesses dans un Soudan unifié et respectueux des diversités. Durant toute la guerre, l’APLS a souffert de nombreuses défections et les retournements d’alliance ont été particulièrement nombreux (notamment du fait de l’actuel vice-président du Soudan du Sud, Riek Machar).
Au total, ces deux guerres ont causé plusieurs millions de morts, de déplacés et de réfugiés.
Un processus de paix a été initié en 2001, sous l’égide de l’Autorité intergouvernementale pour le Développement (IGAD), soutenu par une troïka internationale comprenant les Etats-Unis, la Norvège et le Royaume-Uni. Les négociations qui se sont déroulées à partir de septembre 2003 à Naïvasha (Kenya) entre le vice-président soudanais Ali Osman Taha et le leader de l’Armée populaire de libération du Soudan (APLS), John Garang ont abouti, le 9 janvier 2005, à la signature, à Nairobi, d’un "accord de paix global" ("Comprehensive peace agreement" – CPA), qui précise les modalités de partage du pouvoir et des richesses pendant une période intérimaire allant jusqu’en juillet 2011. Un gouvernement autonome du Sud-Soudan (GoSS) a été mis en place en 2005 à Djouba. John Garang en prend la tête, mais meurt dans un accident d’hélicoptère le 30 juillet 2005. Salva Kiir, son vice-président, lui succède à la tête du gouvernement.
Pour appuyer la mise en œuvre de cet accord, l’ONU crée par la résolution 1590 du Conseil de sécurité du 24 mars 2005 la Mission des Nations unies au Soudan (MINUS), qui comptait 10 000 casques bleus au Soudan du Sud. La France a soutenu l’action de la MINUS tout au long de son mandat. En prévision de l’indépendance, cette mission a été clôturée en 2011, le relais étant pris par le Mission des Nations unies au Soudan du Sud, créée le 8 juillet 2011 et forte de 7000 hommes.
Etape majeure dans la mise en œuvre du CPA, le référendum d’autodétermination du Sud Soudan s’est déroulé dans de bonnes conditions du 9 au 15 janvier 2011. Les résultats officiels annoncés le 7 février 2011 ont confirmé un vote massif en faveur de l’indépendance (98,83%).
L’attention s’est ensuite tournée vers l’aboutissement des négociations sur les arrangements post-référendaires (questions de la répartition de la dette et du pétrole, établissement de la nationalité, partage des actifs, citoyenneté, frontière), menées sous l’égide du Panel de Haut niveau mandaté par l’Union africaine et dirigé par l’ancien président sud-africain, Thabo Mbeki. Des groupes de travail ont été créés pour régler les questions pendantes, l’objectif étant d’aboutir à un accord avant le 9 juillet 2011, date de la fin de la transition et donc de l’indépendance du Soudan du Sud.
Le 21 mai 2011, l’armée soudanaise a pris le contrôle du territoire d’Abyei dont le statut, provisoire, est contesté. Depuis le début de l’occupation, la région est en proie à des violences et de vives tensions, provoquant le départ de plusieurs dizaines de milliers de déplacés.
Le 20 juin 2011, un accord a été signé entre le MPLS et le gouvernement de Khartoum, qui prévoit la création d’une zone démilitarisée surveillée par une force internationale et le retrait de tout groupe armé de cette zone. Le 27 juin, le Conseil de sécurité des Nations unies a adopté la résolution 1990 autorisant, pour une durée de six mois, le déploiement de la Force Intérimaire de Sécurité des Nations unies pour Abyei (FISNUA), avec l’envoi d’un contingent de soldats éthiopiens. Son mandat prévoit de contrôler et vérifier le retrait des belligérants, de sécuriser la région, de faciliter l’acheminement de l’aide humanitaire et de permettre un retour rapide des déplacés.
Le mandat de la FISNUA a été étendu par la résolution 2024 (14 décembre 2011) pour assister les gouvernements du Soudan et du Soudan du Sud à établir une zone démilitarisée le long de la frontière, surveillée par une mission conjointe de vérification, selon les termes de l’accord signé le 29 juin 2011. Cette partie du mandat n’a pas encore pu être mise en œuvre, les parties n’ayant su s’accorder sur la composition et les modalités de fonctionnement de cette mission conjointe.
Le 9 juillet 2011, le Soudan du Sud a célébré son indépendance, entourée d’une quinzaine de chefs d’Etats et de gouvernement africains et de nombreux représentants de la communauté internationale. Le Président soudanais Omar El Béchir, présent à Djouba ce jour-là pour marquer l’engagement du Soudan dans le processus jusqu’à son terme, a été le premier à reconnaître l’indépendance du Soudan du Sud. Le jour même, le Président Kiir promulgue une constitution transitoire (une commission nationale de révision constitutionnelle, qui doit être établie avant le 9 janvier 2012, disposera d’un an pour soumettre une proposition à une conférence constitutionnelle nationale).
Le 1er août 2011, le Président Kiir décrète la nomination des 332 membres de l’assemblée nationale (composée des membres élus en 2010 à l’assemblée sud-soudanaise et des membres sudistes du parlement soudanais) et la création d’une assemblée des Etats de 50 membres. L’opposition détient 10% des sièges.
Le 1er septembre 2011, l’Assemblée nationale approuve la formation du premier gouvernement sud-soudanais proposé le 26 août par le Président Kiir.