N’ayant pu, en vertu de la constitution nigériane, se présenter pour un troisième mandat, le Président OBASANJO a cependant pesé de tout son poids dans la nomination et la victoire du « ticket » présidentiel du PDP (People’s Democratic Party) en avril 2007 le gouverneur de l’Etat de Katsina (Nord), Umaru YAR’ADUA, qui a fait équipe avec le gouverneur de Bayelsa (Sud), Goodluck JONATHAN. Au-delà d’une organisation chaotique, ces élections ont été entachées de multiples fraudes et de graves violences. Outre la Présidence, le PDP a enlevé la majorité des sièges de gouverneurs et de parlementaires. Les principaux candidats d’opposition, l’ancien vice-président Atiku Abubakar (Action Congress - AC) et le général Buhari (All Nigeria People’s Party - ANPP) ont contesté le résultat de ces élections et en ont demandé l’annulation. Le tribunal électoral présidentiel les a déboutés le 26 février 2008 et leur appel devant la Cour Suprême a été rejeté le 12 décembre 2008. Depuis l’été 2007, les élections de plusieurs gouverneurs, membres de la chambre des représentants et sénateurs (dont le Président du Sénat) ont été invalidées, mais les candidats du PDP ont été réélus par la suite.
Au lendemain de son élection, le nouveau président nigérian ne cachait pas qu’il était conscient du handicap que constituait le déroulement du scrutin, et avait affirmé sa volonté de travailler au renforcement de la démocratie et de la justice. Le Président a bénéficié de la sympathie de l’opinion, mais les réformes promises ont tardé à être mises en œuvre, en particulier son « agenda en 7 points » (électricité et énergie, sécurité alimentaire, bien être et création d’emploi, transports, reforme foncière, sécurité, éducation). Son absence prolongée de novembre 2009, date de son hospitalisation en Arabie Saoudite, au 6 mai 2010, date de son décès, a suscité une certaine instabilité politique.
Pour mettre fin au vide du pouvoir, Goodluck Jonathan avait été investi président en exercice (acting president) le 9 février. Malgré une image d’homme discret, Goodluck Jonathan a immédiatement pris une série de mesures fermes dont la dissolution du gouvernement fédéral puis les limogeages du ministre de la Justice et du conseiller national à la sécurité. Il a prêté serment le lendemain du décès du président Yar’Adua, devenant le nouveau président du Nigeria. Namadi Sambo, gouverneur de l’Etat de Kaduna, a été désigné comme vice-président.