Dans l’Ouganda colonial, le Bouganda bénéficiait d’un traitement particulier, pour avoir choisi, dès 1880, d’accueillir les missionnaires anglicans et catholiques. Sous le protectorat britannique établi en 1894, le Bouganda était le modèle : l’Uganda Agreement de 1900 établissait les règles d’une administration indirecte en Bouganda et attribuait une large part de la terre au souverain et aux chefs. Le même système fut appliqué, dans une moindre mesure, au Bunyoro et à deux autres royaumes fondés par les colonisateurs, le Toro et l’Ankole. Plus précocement que les autres régions, le Bouganda étendit les cultures commerciales et attira des immigrants, notamment du Rwanda et du Burundi.
Ce traitement inégal provoqua des tensions croissantes entre Nord et Sud à l’approche de l’indépendance (1962). Les Bagandas tendirent à se refermer dans leur particularisme. L’impraticable Constitution de 1962 instituait un régime parlementaire mais maintenait les privilèges des royaumes et faisait du roi (kabaka) du Bouganda le président de la République d’Ouganda. Le vainqueur des élections, le leader de l’Uganda People’s Congress, Milton Obote, très hostile aux Bagandas, entra en conflit avec le kabaka, qui dut s’enfuir (1966). Dans ce conflit, Obote avait dû s’appuyer sur l’armée et notamment sur son chef, le général Idi Amin Dada, un Soudanais musulman du West Nile, qui prit le pouvoir en 1971. Pour récompenser ses troupes, à recrutement ethnique, il chassa en 1972 les Indiens (plus de 80 000) et fit régner la terreur dans le Sud. L’économie sombra dans le chaos. L’invasion du nord-ouest de la Tanzanie par des soldats ougandais entraîna l’intervention tanzanienne et le rétablissement d’Obote (1979). Sa deuxième présidence fut plus sanglante que le régime d’Idi Amin et la répression prit, en Bouganda, une tournure de génocide. L’armée, passée aux Acholis, le chassa du pouvoir (1985). Des maquis se constituèrent et, sous l’autorité de Yoweri Museveni, formèrent la National Resistance Army. En janvier 1986, Museveni prit le pouvoir et la guerre fit 1 million de morts et 2 millions de déplacés.