Les San (« Bushmen ») se sont installés dans le Kalahari il y a environ 30.000 ans. Pour leur part, les pasteurs bantous se sont établis dans l’Est du Botswana actuel au Ier millénaire. Au XVIIIème siècle, la fragmentation pacifique des tribus bantoues s’est généralisée. Cet éclatement est à l’origine des grands groupes tswanas modernes, dont l’un constituera le Botswana actuel. A la fin du XIXème siècle, des tensions se développent entre les Setswana, habitant le Botswana (qui inclut alors la province du Cap en Afrique du Sud), et notamment les colons Boer. Ce contexte conduit à des demandes d’assistance de la part du roi des Tswanas, qui se concluent par l’établissement, en 1885, d’un protectorat britannique sur le Bechuanaland.
En juin 1964, la Grande-Bretagne accepte les propositions de création d’un gouvernement autonome, élu démocratiquement. En 1965, le siège du gouvernement est transféré de Mafikeng (actuelle Afrique du Sud) vers Gaborone, nouvellement créée. La Constitution de 1966 ouvre la voie aux premières élections générales et à l’indépendance, le 30 septembre 1966. « L’unificateur » des Tswanas (bantous), Seretse KHAMA, est élu Président de la République du Botswana. Il est réélu à deux reprises et reste en fonction jusqu’à son décès en 1980. L’actuel Président du Botswana, Lt. Gen. Seretse Khama Ian KHAMA, est le fils du « père de l’indépendance » du pays.