Le multipartisme est instauré au Burundi au début des années 1990. Cette première période de transition, conduite par le président Pierre Buyoya, s’est achevée par l’organisation des premières élections de l’histoire du pays en juin 1993. Elles ont porté au pouvoir Melchior Ndadaye, et mis en place une Assemblée nationale où le Front démocratique burundais (FRODEBU, parti à dominante hutu) disposait de la majorité absolue. Le 21 octobre 1993, une tentative de coup d’Etat menée par des officiers de l’armée burundaise et l’assassinat du Président Ndadaye ont ouvert une crise politique qui a dégénéré en guerre civile.
Une résistance armée s’est organisée sur l’ensemble du territoire. La mort simultanée des présidents burundais et rwandais dans l’attentat du 6 avril 1994, le génocide rwandais et ses conséquences déstabilisatrices sur le Burundi (afflux de réfugiés) ont encore aggravé la situation. Sous la pression de l’armée, Pierre Buyoya fut à nouveau porté au pouvoir le 25 juillet 1996.
Entamés en juin 1998, interrompus par le décès, en octobre 1999, du médiateur tanzanien Julius Nyerere, les pourparlers d’Arusha ont été relancés par la désignation, le 1er décembre 1999, de Nelson Mandela comme nouveau médiateur. Un accord politique fut conclu à Arusha le 28 août 2000.
La période de transition, qui prévoyait deux séquences de 18 mois et une alternance au sommet du pouvoir entre un président tutsi et un président hutu, a commencé officiellement le 1er novembre 2001 sous la direction d’un président tutsi, Pierre Buyoya, et d’un vice-président hutu, Domitien Ndayizeye. Le 30 avril 2003, ce dernier a remplacé Pierre Buyoya à l’issue d’une alternance pacifique.
La mise en place du gouvernement de transition s’est accompagnée du déploiement d’une force intérimaire de maintien de la paix (2870 hommes, Sud-africains, Ethiopiens et Mozambicains) sous l’égide de l’Union africaine (MIAB). Sa transformation en opération de maintien de la paix des Nations-unies (ONUB) est intervenue le 1er juin 2004.
A partir de novembre 2003, le processus de paix s’est considérablement accéléré. La principale rébellion hutu, le Conseil National pour la Défense de la Démocratie - Forces de Défense de la Démocratie (CNDD-FDD) de Pierre Nkurunziza, s’est ralliée au processus par un accord signé le 16 novembre 2003. Son intégration dans les institutions de transition a permis une amélioration significative du contexte sécuritaire sur l’ensemble du territoire.
Un accord sur le partage du pouvoir pour la période post transition, intervenu sous l’égide de l’Afrique du Sud le 5 août 2004 à Prétoria, a permis l’élaboration et l’adoption par référendum en février 2005 de la constitution.
Malgré deux reports successifs, l’ensemble des élections prévues par les accords de paix (municipales, législatives, sénatoriales et présidentielles) ont eu lieu entre mars et août 2005. Les scrutins se sont tenus en présence d’observateurs internationaux (Union européenne, Union africaine, OIF) et dans des conditions de transparence saluées par la communauté internationale. Ces élections ont donné une large victoire au CNDD-FDD dont le candidat, Pierre Nkurunziza, a été élu le 19 août 2005 par le Parlement burundais à la présidence de la République.
L’aboutissement de la transition burundaise est porteur d’espoir pour l’ensemble de la région des Grands lacs. Elle est un succès pour l’Union africaine et les Nations-unies qui ont fortement soutenu le processus de paix.
La période post-transition
Les défis de l’après-transition sont immenses (réconciliation nationale, consolidation de la paix et de l’Etat de droit, reconstruction, développement économique et social) et ne pourront être relevés que si la communauté internationale demeure aux côtés des nouvelles autorités burundaises. Un bureau intégré des Nations Unies (BINUB), chargé à la fois des questions politiques et des aspects de développement, a succédé à l’ONUB le 1er janvier 2007. Par ailleurs, le Burundi est à l’ordre du jour de la nouvelle Commission de consolidation de la paix de l’ONU.
Le gouvernement burundais a entamé en mai 2006 à Dar es Salam, sous médiation sud-africaine, des négociations avec la dernière rébellion active des Forces nationales de libération (FNL). Ces discussions ont débouché le 7 septembre 2006 sur la signature d’un accord de cessez-le-feu, qui a permis une amélioration réelle de la situation sécuritaire (malgré une hausse de la criminalité). Après plusieurs mois de blocage, et la reprise des affrontements mi-avril 2008, les négociations ont été relancées avec le retour à Bujumbura le 30 mai 2008 du chef des FNL, Agathon Rwasa. Des progrès significatifs ont été accomplis comme l’abandon par le PALIPEHUTU-FNL de toute référence ethnique dans son nom, qui devient simplement le FNL en vue d’un enregistrement comme parti politique. Le processus de désarmement/démobilisation/réinsertion (DDR) de tous les combattants FNL est désormais terminé et les ex-combattants sont maintenant réintégrés dans la société civile.
Sur le plan politique, les tensions apparues dans le courant de l’année 2006, avaient laissé place à des évolutions encourageantes au début de l’année 2007, marquées par une inflexion très nette en faveur d’une approche plus modérée et plus consensuelle du pouvoir (libération de journalistes ; acquittement de plusieurs personnalités, dont l’ancien président Ndayizeye et l’ancien vice-président Kadege, détenus depuis août 2006 pour participation présumée à la préparation d’un coup d’Etat). Les divisions internes au CNDD-FDD ont toutefois entraîné une crise institutionnelle marquée par un blocage des travaux au Parlement, que la mise en place en novembre 2007 d’un nouveau gouvernement d’union nationale n’a pas permis de surmonter. Le CNDD-FDD et ses alliés ont finalement pu retrouver mi-2008 une majorité à l’Assemblée nationale, ce qui a permis une relance des travaux parlementaires (remplacement en juin 2008 par leurs suppléants de députés dissidents du CNDD-FDD à la suite d’une décision de la Cour constitutionnelle ; scission au sein du parti d’opposition FRODEBU).