همزمان با نزدیک شدن زمان برگزاری همه پرسی برای تعیین سرنوشت منطقه جنوب سودان که ژانویه سال دو هزار و یازده انجام خواهد شد دو رقیب اصلی حاکمیت در این کشور ( کنگره ملی و جنبش خلق برای آزادی سودان ) مذاکرات گسترده ای را درباره تدابیر و اقدامات بعد از همه پرسی آغاز کردند.
این در حالی است که پیش بینی ها نظام کنفدراسیونی را بهتر از دو گزینه ایجاد وحدت یا تجزیه میان دو منطقه شمال و جنوب سودان می دانند. دو طرف روز پنجشنبه مذاکرات مشترک را در جنوب سودان آغاز کردند و قرار است این مذاکرات اوایل هفته آینده در خرطوم پایتخت ادامه یابد و در آن مسایل راهبردی بررسی شود. در صورتی که مذاکرات میان دو حزب اصلی سودان ( کنگره ملی و جنبش خلق برای آزادی سودان ) به نتیجه نهایی نرسد خطر بروز جنگی دیگر میان دو منطقه شمال و جنوب این کشور صرف نظر از این که نتایج همه پرسی چه باشد وجود دارد. مسئله امنیت با توجه به این که سودان شامل سه ارتش شمال ، جنوب و نیروهای مشترک است از موارد پیچیده و مبهم در مذاکرات به شمار می رود. توافقنامه فراگیر صلحی که ژانویه دو هزار و پنج میان شمال و جنوب سودان امضاء شد بر این مسئله تاکید دارد که نیروهای مشترک در صورتیکه نتیجه همه پرسی جنوب دعوت به وحدت باشد ظرف سه ماه به ارتش ملی این کشور تبدیل شود و در صورتی که نتیجه همه پرسی جدایی جنوب از شمال باشد وضع مانند سابق به قوت خود باقی بماند یعنی ارتش مشترک منحل می شود و در صورتی که چنین امری صورت گیرد چالش های امنیتی در پی خواهد داشت. دومین مسئله مورد اختلاف ، تقسیم و توزیع درآمدهای نفتی است و دو طرف باید درباره توزیع درآمدهای مربوط به تولید نفت در حال حاضر و در آینده به توافق برسند. مسئله آب نیز در صورتی که نتیجه همه پرسی جدایی جنوب از شمال باشد یکی دیگر از مسایل حساس و مهمی است که باید درباره آن مذاکره شود زیرا بسیاری از نهرها و رودهای کوچک انشعاب یافته از نیل در منطقه جنوب سودان جاری است. یکی دیگر از مسایلی که دو طرف درباره آن به بحث و تبادل نظر می پردازند مسائل مربوط به تاسیسات زیربنایی است. بدهی های خارجی ، نظام بانکی ، ارز ، معاهده ها و توافقنامه ها نیز از دیگر مسایلی است که دو طرف آن ها را بررسی می کنند. مذاکرات دو طرف رقیب در سودان درحالی دنبال می شود که اطلاعات بدست آمده از مذاکرات پشت درهای بسته نشان می دهد حل همه مسایل مربوط به شرایط بعد از همه پرسی کار آسانی نیست و تحقق این امر به امتیازدهی سخت دو طرف بستگی دارد. اطلاعات به دست آمده از مذاکرات حاکی از آن است که دو طرف برای نخستین بار راهکار جدیدی را برای آینده منطقه جنوب ( سودان ) بررسی کردند و این راهکار تشکیل نظام کنفدراسیونی است و این که به جای انتخاب دو گزینه وحدت یا جدایی جنوب ریاست جنوب به صورت دوره ای به یکی از طرف ها واگذار می شود. علی تمیم فرتاک یکی از رهبران منطقه جنوب در حزب کنگره ملی به خبرگزاری شین هوا گفت " برخی از رهبران و مقامات دو طرف درباره پیشنهاد نظام کنفدراسیونی تردید دارند و بحث های جانبی درباره آن مطرح است ولی این بحث ها هنوز در سطح رهبران دو حزب مطرح نشده است." فرتاک افزود " حزب کنگره ملی همچنان گزینه اتحاد میان شمال و جنوب را بهترین راهکار می داند و در جهت تحقق آن تلاش می کند و حزب حاکم هرگز راهکار نظام کنفدراسیونی را نمی پذیرد ولی در به روی هر پیشنهادی که تلاش ملی برای وحدت سودان باشد باز است."
