خبرگزاری رویترز در گزارشی از خرطوم به قلم اوفیرا مکدوم نوشت : پس از راگیری نهم ژانویه درباره استقلال جنوب سودان که پیش بینی می شود جدایی این منطقه را از شمال درپی داشته باشد ، سران هر دو کشور با مجموعه ای از مشکلات روبرو خواهند شد که برای جلوگیری از ازسرگیری خشونت ها باید آنها را حل و فصل کنند .
پیش بینی می شود همه پرسی درباره استقلال جنوب سودان که در موافقتنامه صلح سال دو هزار و پنج بین شمال و جنوب نیز به آن اشاره شده است منجر به جدایی این دو منطقه از یکدیگر شود اما اینکه دو کشور چگونه درمورد مسائل اقتصادی ، منابع و جمعیت با یکدیگر به توافق خواهند رسید چیزی است که به زمان نیاز دارد . حتی هنوز درمورد نام جنوب سودان به عنوان یک کشور مستقل تصمیم گیری نشده است .
پیشنهادهایی که تاکنون مطرح شده شامل سودان جدید ، اکوآتوریا ، جوواما یا جمهوری نیل است . آلی ورجی کارشناس مسائل انتخابات گفت فقدان موافقتنامه درمورد تدابیر و ملزومات پس از برگزاری همه پرسی باعث افزایش احتمال به چالش کشیده شدن نتایج رای گیری و آغاز درگیری ها شده است. وی افزود هرگونه تاخیر در برگزاری همه پرسی درباره استقلال جنوب سودان ممکن است کشور را با بحرانی ملی روبرو کند . حقوق شهروندی ، توافق درباره یک مرز مشترک بین شمال و جنوب پس از جدا شدن این دو منطقه از یکدیگر و چگونگی گشت زنی در این مرز ، تقسیم دارایی ها و بدهی ها ، تقسیم منابع نفتی و رود نیل ، توافق درباره وضع منطقه نفت خیز آبه و هماهنگی درباره سیاست های اقتصادی همگی از مسائل مهمی است که باید در آستانه برگزاری همه پرسی نهم ژانویه درمورد آنها توافق حاصل شود . شمالی ها و جنوبی ها هیچکدام دیگر تحمل بازگشت به جنگی جدید را ندارند و اکثر آنها خواستار توافق دو طرف درباره تقسیم منابع نفتی پس از جدایی این دو منطقه از یکدیگر هستند . سازمان ملل متحد اعلام کرده است در صورتیکه پس از همه پرسی ماه ژوئن درباره استقلال جنوب سودان جنگی آغاز شود ، صدها هزار سودانی ممکن است به کشورهای همسایه فرار کنند . برخی تحلیلگران می گویند مناقشات برسر مناطق نفت خیز سودان و دیگر مسائل در این کشور ممکن است منجر به آغاز درگیری پس از برگزاری همه پرسی نهم ژانویه شود . کمیساریای عالی آوارگان سازمان ملل متحد که برنامه هایی را برای مقابله با پیامدهای ناشی از آغاز جنگ در سودان پس از استقلال جنوب و آواره شدن مردم این منطقه تهیه کرده است اعلام کرد حدود صد هزار ساکن جنوب سودان ممکن است به اوگاندا ، صد هزار نفر به کنیا ، هشتاد هزار نفر به اتیوپی و پنجاه هزار نفر به مصر فرار کنند .