مسئولان شمال سودان درباره نوع روابط جنوب با رژیم صهیونیستی نگرانی هایی دارند.
ربیع عبدالعاطی، مسئول رسانه های خارجی حزب کنگره ملی سودان(حزب حاکم) در این باره گفت: اگر روابط آینده جنوب سودان با اسراییل روابطی عادی باشد جای نگرانی نیست اما اگر این روابط برای آسیب رساندن به منافع شمال یا طراحی هجومی علیه شمال باشد جای نگرانی خواهد داشت. به گزارش پایگاه خبری میدل ایست آنلاین، هم زمان با ابراز نگرانی مسئولان شمالی سودان، نیال پل، سردبیر روزنامه انگلیسی زبان سیتیزن در جنوب این کشور در این روزنامه نوشت، با تشکیل دولت مستقل در جنوب ارتباط با اسراییل حتمی است اما این رابطه بیش از آنکه سیاسی یا امنیتی باشد اقتصادی خواهد بود. وی در ارزیابی از این روابط نوشت، حکومت جنوب سودان می خواهد از تجربه های اسراییل در بخش تامین منابع آبی استفاده کند زیرا ایالت های شرق استوا به سبب بهره مندی از بارش مناسب، منابع آبی خوبی دارند اما بخش عمده ای از این سرمایه ارزشمند هدر می رود در نتیجه می توان از تجربه اسراییل برای بنای سد و آماده کردن شرایط لازم برای استفاده درست از منابع آبی بهره برد. پل اضافه کرد، انتظار نمی رود جنوب سودان و اسراییل همکاری نظامی گسترده ای داشته باشند البته این همکاری ممکن است در حد تامین امنیت فرودگاهها و تاسیسات زیربنایی پیگیری شود. هفته گذشته عمر البشیر در پاسخ به سئوالی درباره روابط جنوب سودان با اسراییل با عصبانیت گفته بود این مسئله به جنوب ارتباط دارد.
