با توجه به اینکه اداره کشور مصر در چنین شرایط دشواری به شورای عالی نیروهای مسلح واگذار شد، به نظر می رسد این شورا در رسیدن به دو گزینه بازگرداندن ثبات به کشور و تلاش برای انتقال به دموکراسی با چالش های بزرگی مواجه باشد.

ارتش در بیانیه روز پنجشنبه خود از خواسته های مردم حمایت کرده بود اما در بیانیه دومش که روز جمعه صادر کرد چنین وانمود کرد که از باقی ماندن مبارک در قدرت تا زمان پایان دوران ریاستش حمایت می کند ولی در همین روز فشار گسترده مردم در تجمعات انبوه معترضان در شهرهای مختلف از جمله قاهره و هم زمان فشارهای بین المللی به نظام مصر، گویا سران ارتش را به این نتیجه رساند که باید کناره گیری مبارک از قدرت را بپذیرند. به گزارش پایگاه خبری میدل ایست آنلاین، مصطفی کامل سعید، استاد علوم سیاسی دانشگاه قاهره درباره نقش ارتش در تحولات اخیر می گوید، ارتش از آغاز هم مانع برپایی تظاهرات معترضان نبود ضمن اینکه هیچگاه حاضر نشد نقشی را که مبارک از آنان می خواست بازی کنند و ترجیح داد موضعی بی طرفانه اتخاذ کند. عمرو الشوبکی مدیر مرکز مطالعات سیاسی منتدی البدائل معتقد است، نقش ارتش در چنین شرایطی نقش میانجی میان انقلابی ها و حکومتی است که بنیانش فرو ریخته است ولی مشکل در ایفای این نقش این است که هنوز شیوه ارتش در اداره کشور با ابهاماتی روبروست چنانچه پیش از این نیز نقش ارتش در اداره کشور نقشی پنهان بوده است. ارتش مصرکه خود ستون فقرات نظام حسنی مبارک بوده است هنوز راه روشنی را برای اداره کشور با مردم در میان نگذاشت ولی بر خلاف پلیس در بیانیه ای اعلام کرد به خواسته مردم احترام می گذارد. ارتش همچنین مشخص نکرده است که آیا مذاکراتی را که پیش از این عمر سلیمان به عنوان معاون ریاست جمهوری با مخالفان از جمله اخوان المسلمین آغاز کرده بود پی می گیرد یا خیر؟ البته ارتش در بیانیه ای که پس از کناره گیری مبارک از قدرت صادر کرد به این نکته اشاره کرد که جایگزین مشروعیتی که مردم در تظاهرات فریاد زده اند نیست و با بررسی اوضاع به زودی برنامه های خود را برای ایجاد تغییرات بنیادینی که موجب رضای معترضان باشد ارائه خواهد کرد. ارتش مصر در این روزهای دشوار کشوری را به دست گرفت که اقتصادی ویران دارد، هیجده روز انتفاضه مردمی بسیاری از بخش های اقتصادی این کشور از جمله بخش گردشگری را فلج کرده است و حتی بازار بورس را به تعطیلی کشاند با این حال باید دید برنامه های ارتش برای بهبودی اوضاع کشور چیست و برای انتقال دموکراتیک قدرت چه برنامه هایی دارد؟ ارتش مصر 470 هزار نیرو دارد و از نهادهایی است که چهار رییس جمهوری که از زمان سقوط نظام پادشاهی مصر در سال 1952 اکنون بر این کشور حکمرانی کرده اند از دل این نهاد بیرون آمده اند. محمد نجیب، جمال عبدالناصر، انور سادات و حسنی مبارک ار روسای جمهوری پس از نظام پادشاهی مصر هستند که همگی افسران ارتش بوده اند.