در حالیکه مقامات شمال و جنوب سودان توافق کرده بودند مساله چگونگی استفاده از منابع نفتی را قبل از استقلال جنوب حل کنند این موضوع همچنان حل نشده باقی مانده است .
به گزارش واحد مرکزی خبر از خارطوم ،دکتر عصام عبدالوهاب رئیس دانشکده اقتصاد دانشگاه نیلین سودان گفت در حال حاضر فقط وجود منابع نفتی است که به کشور سودان جنوبی امکان ادامه حیات می دهد و از سوی دیگر این کشور به آبهای آزاد دسترسی ندارد و برای صادرات نفتش نیازمند کمک دیگر کشورهاست که تنها گزینه موجود در حال حاضراستفاده از خط لوله سودان است. عمر البشیر رئیس جمهور سودان نیز اخیرا اعلام کرد: دولت سودان جنوبی در ازای انتقال نفتش از طریق خط لوله شمال یا باید درآمد نفتی را با شمال تقسیم کند و یا هزینه های انتقال را بپردازد و یا از صادرات نفت چشم پوشی کند. برخی از مقامات دولت سودان جنوبی معتقدند خط لوله انتقال نفت شمال با پولهای نفت جنوب ساخته شده و متعلق به همه سودان است و جنوبی ها نباید هزینه ای برای انتقال نفت پرداخت کنند. همچنین دکتر« انور شمبال»کارشناس اقتصادی سودان در این خصوص گفت: دولت سودان جنوبی در حال حاضر هیچ گزینه ای برای صادرات نفت به جز خط لوله شمال ندارد.
گزینه های دیگری که مطرح شده مانند احداث خط لوله جدید از طریق کنیا یا انتقال هوایی نفت ، هزینه و زمان زیادی لازم دارد و در اجرا با مشکلات زیادی مواجه هستند. توقف صادارت نفت حتی برای چند روز، میتواند ضربه مهلکی بر اقتصاد سودان جنوبی وارد کند.