ایران-بحران جنوب سودان بلافاصله پس از استقلال آن از انگلستان در سال 1956 توسط گروه آنيانيا و با حمايت اوگاندا، اتيوپي و رژيم صهيونيستي شروع شد و تا امضاي قرارداد آديس آبابا در سال 1972 ادامه يافت.
در سال 1983 جبهه آزاديبخش سودان، توسط گروهي از روشنفكران چپ آنيانيا و در هماهنگي باحزب كمونيست سودان پايه‌گذاري شد.اين ارتش، بقاياي ارتش آنيانيا و گروه‌هاي جدايي طلب را در خود جا داد و به تسليح اقوام نوئر و دينكا عليه حكومت مركزي پرداخت. با توجه به حاكميت حزب اسلامگراي جبهه اسلامي ملي به رهبري حسن الترابي و البشير در سودان، ارتش آزاديبخش خلق سودان نيز ايدئولوژي ناسيوناليسم مسيحي را در سرلوحه اقدامات خود قرار داد. اين موضوع باعث توجه غرب و سازمان‌هاي مسيحي جهان به اين ارتش شد. آنان با پر رنگ كردن موضوعات ملي و حتي تحريف زمان حضور اسلام در سودان؛ اعراب سودان را فاقد هويت تاريخي دانستند و گفتند سودان به معناي سياهان نشان دهنده تعلق اين كشور به سياهان است و اسلام و زبان عربي به اجبار در دوره خليفه عثماني در سودان رايج شده است. صهيونيست‌ها نيز بر اساس اختلافات خود با مسلمانان و در راستاي اهداف خود از اين شكاف‌ها و اختلافات ايدئولوژيك استفاده كردند و نقش مهمي در تجزيه كشور بزرگ سودان ايفا كردند. البته اهداف رژيم صهيونيستي در سودان را بايستي در راستاي سياست آفريقايي اين رژيم تحليل كرد.
رژيم صهيونيستي از همان آغاز زندگي منحوسش براي دستيابي به مشروعيت بين‌المللي، به دنبال متحدي خارج از منطقه خاورميانه مي‌گشت. در نتيجه قاره آفريقا، با توجه به نوپا بودن و همچنين نبود زير ساخت‌ها، دوري از تعارضات اعراب و رژيم صهيونيستي، اهميت يافتن اين قاره در نظام بين‌الملل و قدرت رأي آنها در سازمان ملل و وجود گروه‌ها و اقليت‌هاي يهود، مورد توجه رژيم صهيونيستي قرار گرفت.با شروع استقلال كشورهاي آفريقايي در اواسط دهه 1950، نفوذ رژيم صهيونيستي در كشورهاي آفريقايي شروع شد. از آن زمان تاكنون، اين رژيم جهت دست يافتن به اهدافش به كار بسته است كه برخي از آنها عبارتند از تبديل آفريقا به عرصه مديريت اداره منازعات اعراب و رژيم صهيونيستي، استفاده از حق رأي آفريقايي‌ها در محافل بين‌المللي با توجه به عدم مشروعيت اين رژيم در عرصه‌هاي منطقه‌اي وبين‌المللي، ايجاد اقليت‌ها و گروه‌هاي يهودي در آفريقا و استفاده از آنها در سياست‌گذاري و برنامه‌ريزي روابط رژيم صهيونيستي با آفريقا، بيشترين بهره را برده تا تلاش خود براي تسلط بر كشورهاي آفريقايي در راستاي سركوب حركت‌هاي اسلامي را به نتيجه برساند.
رژيم صهيونيستي از زمان استقلال به دنبال تحقق سياست‌هاي آفريقايي خود در سودان بود، اما در سال 1983 كه تنش در سودان به مرحله جنگ داخلي رسيد، رژيم صهيونيستي با اختصاص حسابي ويژه براي كمك به مخالفان جنوب، عملاً به فعاليت خود در اين كشور رسميت بخشيد. در اين سال‌ها بود كه بارها از روابط ويژه «جان گارانگ» رهبر جنوبي‌ها با رژيم صهيونيستي سخن گفته شد. تماس‌هاي رژيم صهيونيستي با جنوبي‌ها از طريق كنسولگري اين رژيم در آديس آبابا در اتيوپي آغاز شد و در پوشش شركت‌هاي تجاري، روابط گسترده‌اي با قبيله (دينكا) به عنوان قوي‌ترين قبيله منطقه، برقرار كرد تا زمينه نفوذ تل آويو در جنوب سودان را فراهم كند. روابط و نوع كمك‌هاي رژيم صهيونيستي در رابطه با جدايي جنوب سودان را مي‌توان به چند مرحله تقسيم كرد. 1- ارائه كمك‌هايي در قالب كمك‌هاي ظاهراً بشر دوستانه نظير دارو، مواد غذايي، فرستادن پزشك و امداد رساني 2- بهره‌برداري از اختلافات قبيله‌اي جنوبي‌ها و دامن زدن به درگيري‌هاي جنوب و شمال3- سرازير شدن قرارداد‌هاي تسليحاتي رژيم صهيونيستي به جنوب سودان و توسعه چارچوب‌هاي آموزش شبه نظاميان جنوبي در اوگاندا، اتيوپي و كنيا 4- از سر‌گيري حمايت رژيم صهيونيستي از شورش‌هاي مسلحانه و تجهيز جنبش‌هاي جدايي‌طلب جنوب به سلاح‌هاي پيشرفته به منظور حمله به مراكز دولتي در جنوب و حمايت تل آويو در زمينه تأمين تصاوير ماهواره‌اي از مراكز نيروهاي دولتي سودان 5- اعزام كارشناسان صهيونيستي براي هدايت و رهبري جدايي طلبان و تدوين طرح‌هاي جنگي و مشاركت آنها در برخي عمليات‌ها كه به اشغال برخي از شهر‌هاي جنوب سودان منجر شد. سرانجام در پي اين نفوذهاي گسترده صهيونيست‌ها سودان جنوبي در نتيجه همه پرسي سال 2011 به عنوان كشوري مستقل در عرصه بين‌المللي ظهور كرد. در همين راستا رژيم صهيونيستي، اين كشور تازه تأسيس را در روز دهم جولاي؛ يعني يك روز پس از استقلال، به رسميت شناخت و در بيست و هشتم همان ماه سفارت رژيم صهيونيستي در اين كشور افتتاح شد.
رژيم صهيونيستي و سودان جنوبي هيچ گونه مرز مشترك و قرابت فرهنگي، مذهبي و نژادي با يكديگر ندارند اما منافع هر كدام باعث شده كه سطح روابط آنان گسترش يابد كه در زير، به چند مورد آن اشاره مي‌شود.
با توجه به اين‌كه سودان جنوبي كشوري است كه به تازگي ايجاد شده، فاقد زير ساخت‌هاي لازم براي اداره كشور چه از نظر تكنولوژيك، چه از نظر سرمايه و چه از نظر نيروي انساني كارآمد است. به همين دليل براي توسعه، بشدت نيازمند كمك‌هاي خارجي است. صهيونيست‌ها با درك اين مسئله از دوران گذشته، ارتباطاتي را با سران شورشيان سابق جنوب و رهبران امروز سودان جنوبي برقرار كرده بودند.امتياز ديگر استقلال سودان براي صهيونيست‌ها، دستيابي به راه حلي براي بازگشت ده‌ها هزار آواره جنوب سودان است كه در سال‌هاي اخير به دليل وقوع جنگ‌هاي طولاني از راه مصر خود را به سرزمين‌هاي اشغالي رسانده‌اند. بر اساس آمارها حدود 28000 مهاجر يهودي از جنوب سودان در سرزمين‌هاي اشغالي ساكن هستند. بلافاصله بعد از استقلال اين كشور وزير اين رژيم اعلام كرد كه در مورد بازگشت اين مهاجرين با دولت سودان جنوبي مذاكره كرده است.
يكي از ويژگي‌هاي سودان جنوبي اين است كه با يك چهارم جمعيت كل سودان سابق، بيش از 70 در صد منابع و ذخاير كل سودان را در اختيار دارد. سودان جنوبي بر رود نيل تسلط دارد، اين رود به عنوان يك شاهرگ حياتي براي 9 كشور حوزه نيل به حساب مي‌آيد. به نظر مي‌رسد كه سودان جنوبي به عنوان كشوري تازه تأسيس، ادعاهاي جديدي در اين زمينه خواهد داشت و از اين طريق رژيم صهيونيستي با ايجاد بحران‌هاي جديد بين اعراب و همسايگان خود مي‌تواند فضاي تنفسي براي خود ايجاد كند و با استفاده از كشورهاي پيرامون از جمله سودان جنوبي اين بحران را به نفع خود مديريت كند. در اين راستا مي‌توان به شروع فعاليت‌هاي سد‌سازي رژيم صهيونيستي در ساحل رود نيل اشاره كرد.
به اعتقاد كارشناسان سياسي، اگر جدايي جنوب سودان برنده‌اي داشته باشد، بي‌شك آن رژيم صهيونيستي است. سخن رئيس جمهور سودان جنوبي در سفر به سرزمين‌هاي اشغالي، بيانگر رابطه‌اي تاريخي و هدفمند است. وي در ديدارش با شيمون پرز اعلام كرد «بدون كمك‌هاي رژيم صهيونيستي، سودان جنوبي به وجود نمي‌آمد، شما در كنار ما جنگيديد تا جمهوري سودان جنوبي بوجود بيايد». با استقلال سودان جنوبي و با توجه به روابط نزديك رژيم صهيونيستي با اتيوپي، كنيا، كنگو، جمهوري آفريقاي مركزي و چاد مي‌توان گفت،حلقه محاصره سودان تنگ‌تر شده است، بويژه آن‌كه دولت عمر البشير پيوند‌هاي نزديكي با محور مقاومت ضد امريكايي دارد. با توجه به موارد مذكور مي‌توان گفت منافع استراتژيك رژيم صهيونيستي بر تأسيس كشوري در جنوب سودان متمركز بود و در حال حاضر هم به شدت تلاش مي‌كند تا در نهايت اين كشور تازه تأسيس را به پايگاه نظامي اين رژيم در منطقه و مكاني براي جلوگيري از گسترش نفوذ اسلام در قاره آفريقا تبديل كند. موضوعي كه برخي از آن به عنوان شكل گيري رژيم صهيونيستي دوم در قاره آفريقا ياد مي‌كنند.
