گرچه دكتر محمد مرسي نامزد دلخواه آمريكا نيست، منتها دولت امريكا به شوراي نظامي مصر فشار آورد كه نتايج انتخابات را به سود احمد شفيق تغيير ندهد. روزنامه "واشنگتن پست" در سرمقاله خود نوشت كه دولت اوباما از طريق وادار ساختن ارتش براي احترام گذاشتن به نتايج انتخابات و تهديد به تعليق كمك‌هاي اقتصادي و نظامي نقش مهمي در پيروزي محمد مرسي ايفا كرد.
به دنبال پيروزي محمد مرسي، محافل امريكايي به دو جريان تقسيم شدند:
1- جريان اول بر اين باور است كه پيروزي محمد مرسي رئيس‌جمهور اسلامگرا كه در اولين انتخابات آزاد از سوي مردم انتخاب شد مي‌تواند عامل موثري براي قدرتمندي مصر در خاورميانه باشد و همين امر موجب مي‌گردد كه مصر دموكراتيك بسيار قدرتمندتر از مصر غير دموكراتيك باشد و اين مي‌تواند رئيس‌جمهور مصر را به اتخاذ سياستهاي مخالف اسرائيل و آمريكا وادارد. و به عبارت ديگر نفوذ اين جريان اسلام خواه، باعث تنش در روابط مصر، امريكا و يا مصر و اسرائيل خواهد شد.
2- جريان دوم عقيده دارد كه دخالت امريكا جهت تثبيت آراء مردم بوده و بايد مورد ستايش قرار گيرد. اين جريان بر اين باور است كه دولت امريكا نبايد روابط را به اخوان المسلمين خلاصه كند بلكه بايد دنبال ايجاد روابطي جديد بر اساس احترام و منافع مشترك باشد. با توجه به نقطه نظرات فوق، ايالات متحده امريكا در مجموع به شدت خواستار آن است كه رئيس‌جمهور جديد مصر مواضع خود را در قبال اسرائيل به روشني بيان كند، منتها محمد مرسي در همه سخنراني‌هاي خود نامي از اسرائيل نبرده است و همين امر موجب گرديده كه در واشنگتن و تل آويو نگراني‌هايي به وجود آيد.
نكته‌اي كه در اين ميان وجود دارد اين است كه بايد ميان سياستهاي جديد مصر با سياستهاي دوره حسني مبارك تفاوت‌هايي قائل شد. گرچه محمد مرسي در سخنراني خود در دانشگاه قاهره بر پايبندي مصر نسبت به معاهده‌هاي بين‌المللي تاكيد كرد ولي اكنون با توجه به تلاش مصر براي باز پس گيري نقش منطقه‌اي و جهاني مصر مي‌توان موارد زير را لحاظ كرد:
الف- تفاهم "امريكايي - اخواني": از تاريخ 25 ژانويه 2011 (6 بهمن 1390) تا پايان گرفتن انتخابات رياست جمهوري مصر، ديدارهاي زيادي ميان مسوولان دفتر ارشاد اخوان المسلمين و مقامات امريكايي صورت پذيرفت. در هر ديدار مقامات امريكايي از مصر، آنها ملاقات با مسوولان اخوان المسلمين را در دستور كار داشتند و اين امر جداي از ديدار مسوولان اخوان المسلمين از امريكا باشد و آخرين ديدار توسط برخي نمايندگان مجلس منحل شده با مسوولان امريكايي در واشنگتن بود.
افزون بر آن، رهبران اخوان المسلمين مرتباً از طريق مطبوعات به مسوولان امريكايي اطمينان مي‌دادند نه فقط به معاهده‌ات بين‌المللي پاي بند هستند بلكه خواستار گشايش نسبت به غرب هستند منتها بايد كرامت و غيرت مصر و مردمش محفوظ باقي بماند و روابط بر اساس منافع و احترام مشترك و متقابل شكل گيرد.
ب- نقش شوراي نظامي در روند تصميم گيري سياست خارجي: به رغم برگزاري انتخابات و برگزيده شدن محمد مرسي و اينكه تصميم گيري در مورد سياست خارجي يكي از اختيارات اصلي رئيس‌جمهور است ولي شوراي نظامي با صدور متمم قانون اساسي، به عامل اصلي در سياست خارجي تبديل شده است خصوصاً اينكه ميان نظاميان مصر و همتايان امريكائي شان روابط بسيار نزديكي وجود دارد و انديشكده‌هاي پژوهشي امريكا روي اين امر تاكيد كرده‌اند. نكته مهم ديگر اين است كه ارتش مصر هنوز به تجهيزات و تسليحات امريكايي وابسته است و به شدت مايل است كه كمك نظامي يك ميليارد و سيصد ميليون دلاري امريكا به مصر همچنان ادامه يابد.
ج- نياز شديد مصر به كمك‌هاي اقتصادي كشورها، نهاد و سازمان‌هاي بين‌المللي براي خارج شدن از بحران اقتصادي بسيار آزاد دهنده است. نكته قابل تأكيد دراين مورد، اين است كه محمد مرسي جهت مقابله با شوراي نظامي به شدت نيازمند آن است كه به وعده خود در مورد شكوفا كردن اقتصاد مصر جامه عمل بپوشاند.
د- از آنجا كه محمد مرسي به شدت به امور داخلي مشغول است بعيد به نظر مي‌رسد كه بتواند پرونده‌هاي اختلافي با امريكا را به جريان بياندازد لذا انتظار مي‌رود كه در مورد پرونده‌هاي اختلاف برانگيز، تفاهيم‌هاي اعلام نشده‌اي صورت پذيرد.
برخي عقيده دارند كه اگر بعضي مواقع از سوي مسوولان دو كشور در مورد تفاهم‌هاي اعلام نشده، مطالبي ايراد شود بايد آنرا در زمينه مصرف داخلي قلمداد كرد خصوصاً اينكه انتخابات رياست جمهوري امريكا نزديك شده و رئيس‌جمهور احتمالي به شدت نيازمند است كه در اين زمينه به اسرائيل اطمينان دهد و اعلام كند كه امنيتش از سوي مصر تضمين شده است.
