مرسی یکی از اعضای یک گروه مخفی از نخبگان به نام «دفتر ارشاد اخوان‌المسلمین» بود که نقش اصلی در آن برعهده «خیرت الشاطر»، تاجر و یکی از معاونین جریان اخوان بود.
به گزارش خبرگزاری فارس، روزنامه آمریکایی یواسای تودی در گزارشی که به علل شکست اخوان‌المسلمین در اداره حکومت مصر اختصاص دارد، نوشت: شکست اخوان‌المسلمین در اداره مصر ناشی از این واقعیت بود که رئیس‌جمهور منتخب اما برکنار شده مصر، در تصمیم‌گیری مستقل نبود.
بنابراین گزارش، مرسی یکی از اعضای یک گروه مخفی از نخبگان به نام «دفتر ارشاد اخوان‌المسلمین» بود که نقش اصلی را در آن «خیرت الشاطر»، تاجر و یکی از معاونین جریان اخوان دارا بود.
تصمیمات اصلی از جمله قطع رابطه با سوریه توسط این گروه اتخاذ می‌شد. همین پروسه باعث شد تا بسیاری از دولتمردان مصری که عضو اخوان‌المسلمین نبودند از سیستم خارج شوند.
یواسای تودی بر این باور است که این دولت در سایه بود که زمینه لازم را برای ناکامی اخوان فراهم کرد چرا که حکومت‌داری بدون کنترل یا استفاده از نهادهای سیاسی مستقر شده در مصر، هر روز سخت و سخت‌تر می‌شد.
این گزارش می‌افزاید: دیدگاه سیاسی اخوان‌المسلمین و هویت سیاسی آن به‌دنبال خلافت سیاسی اسلامی است که این امر در تعارض با اولویت‌های امنیت و منافع ملی مصر قرار می‌گیرد. این تعارض بیشتر با دستگاه امنیتی شامل ارتش، سازمان اطلاعات و پلیس در جریان بود.
این گزارش مدعی است که مرسی به گروه‌های جهادی و جنبش حماس اجازه داده بود که آزادانه در شبه‌جزیره سینا فعالیت کنند و این رویکرد می‌توانست در بلندمدت به بی‌ثباتی و نتایج سخت بیانجامد.
