این سرزمین را پرتغالی ها در 1471 کشف کردند و در طی قرن هفده و هجده پاسگاه هائی در گینه تأسیس نمودند. در 1778 پرتغال گینه را به اسپانیا سپرد. و انگلستان با موافقت اسپانیا پایگاه هائی در گینه ایجاد کرد. در 1844 ادعای مالکیت جزیره فرناندوپو را تجدید نمود. در 1885 بموجب پیمان برلن منطقه ایرلند گینه استوائی به اسپانیا واگذار گشت. در 60-1958 اسپانیا گینه را بصورت یکی از ایالات خود اعلام نمود.
در 64-1963 گینه اسپانیا به گینه استوائی تغییر نام و خود مختاری محدودی یافت.
پس از استقلال گینه استوایى در سال 1968 از اسپانیا «فرانسیسکو نگوما» در مصدر کار قرار گرفت و پس از او در سال 1979 برادرزاده‌اش «تئودور آاوبیانگ نگوما مباسوگو » با محاکمه و اعدام عمویش و توسط کودتا به قدرت رسید.
سرتیپ تئودور اوبیانگ نگوما امباسوگو از حزب دموکراتیک گینهٔ استوایی طی کودتای در سال ۱۹۷۹ به قدرت رسید که هنوز هم بر این کشور حکومت می‌کند.
در 12 اکتبر 1987 این کشور تک حزبی بود اما در رفراندوم 17 نوامبر 1991 قانون چند حزبی مورد بررسی قرار گرفت و سرانجام در ژانویه 1992 قانون چند حزبی بتصویب رسید.
در سال ۱۹۹۲ احزاب سیاسی به رسمیت شناخته شدند، در همین سال سیلوستره سیاله بیلکا به سمت نخست وزیر منصوب شد، در سال ۲۰۰۶ میلادی ریکاردو مانگوئه اوباما نخست وزیر گینهٔ استوایی شد.