پیش از تاریخ
سنگواره‌های یافته شده در آفریقا نشان می‌دهد که پستانداران از ۲۰ میلیون سال پیش در آن زندگی می‌کرده‌اند. یافته‌های اخیر در کنار دریاچه تورکانای کنیا نشان می‌دهد که انسانهای نخستین حدود 5.2میلیون سال پیش در آن زندگی می‌کرده‌اند. در سال ۱۹۸۴، ریچارد لیکی و کامویا کیمئو اسکلت یک پسر بچه تورکانایی را در دریاچه تورکانا کشف کردند که مربوطه به ۶٫۱ میلیون سال پیش است. صدها سنگواره دایناسورهای ددپا و تمساح‌های غول پیکر در اطراف کنیا در سال ۲۰۰۴ کشف شده‌است. فسیلهای مربوط به دوران میانه‌زیستی (بیش از ۲۰۰ میلیون سال پیش) توسط گروه جستجوی دانشگاه یوتا و موزه ملی کینا در ژوئیه و اوت ۲۰۰۴ در لوکیتانگ جورج در نزدیکی دریاچه تورکانا پیدا شده‌است.

تاریخ مستعمراتی
کوچ‌نشین‌هایی از مناطق عربی و ایران از قدیم در کرانه‌های کنیا ساکن شده بودند. پرتغالی ها نخستین استعمارگرانی بودند که پا به کنیا گذاشتند. آن ها مدتی بر مناطق ساحلی از مالیندی تا مومباسا، حکمرانی کردند. دوره مستعمراتی شرق آفریقا بطور رسمی از سال ۱۵۰۵ آغاز می‌شود که کشتی‌های دریادار تحت فرمان دوم فرانسیسکو دی آلمیدا منطقه کیلوا را با توپخانه مورد هجوم قرار دارند و غارت کردند، این جزیره اکنون در جنوب تانزانیا قرار دارد. سپس بعلت عدم پرداخت مالیات توسط رهبر شهر مومباسا، آنجا را نیز غارت کردند. سپس حملات به هوجا (که اکنون اونگاوا نام دارد و در دهانة رودخانه تانا واقع شده‌است)، باراوا، آنگوچه، پیت و سایر شهرهای ساحلی ادامه یافت تا سرانجام تمامی شهرهای واقع بر ساحل شرقی آفریقا، به پادشاه پرتغال مالیات می‌دادند. پرتغالی‌ها از استعمار شرق آفریقا دو هدف داشتند; جمع آوری مالیات و کنترل تجارت در اقیانوس هند این اهداف تا حدودی موفقیت آمیز بود. و گاهی حاکمان محلی شرق آفریقا بر علیه پرتغالی‌ها شورش می‌کردند.
به هر حال، کشتی‌های پرتغالی در مورد بازرگانی در منطقه غربی اقیانوس هند، اختلاف داشتند و به علت کنترل راهبردی بندرها و خطوط کشتیرانی، تعرفه زیادی را برای جابه‌جایی کالا دریافت می‌کردند. ساخت دژ جیسوس در مومباسا در سال ۱۵۹۳، وسیله‌ای برای تقویت تسلط پرتغال بر منطقه بود ولی با هجوم بریتانیایی‌ها، آلمانی‌ها، و اعراب عمانی در سده هیجدم از میزان نفوذ پرتغال کاسته شد. اعراب عمانی مستقیماً با پرتغال درگیر شدند و استحکامات پرتغال را محاصره کردند و به کشتی‌های آنها حمله کردند و سرانجام در سال ۱۷۳۰، پرتغالیها را از سواحل کنیا و تانزانیا بیرون انداختند.
شهر بندری مومباسا راه آهنی به نایروبی (مرکز) و شهرهای جنوبی دارد.
با استعمار کرانه‌های کنیا و تانزانیا، اعراب نیز مانند فقط می‌توانستند، منطقه ساحلی را کنترل کنند و به مناطق داخلی دسترس نداشتند. هر چند بوجود آمدن کشاورزی گل میخحک و رونق تجارت بردگان باعث تقویت قدرت عمان در منطقه شد و در سال ۱۸۳۹ زنگبار بعنوان پایتخت عمان در منطقه توسط سید سعید انتخاب شد. کنترل بنادر اصلی ساحل شرقی آفریقا توسط اعراب تا زمانی ادامه داشت که بریتانیا مصمم شد نظام تجارت بردگان را از بین ببرد و سیستم پول در مقابل کار را پیاده کند. در اواخر قرن نوزدهم، تجارت برده در اقیانوس غیر قانونی اعلام شد و اعراب عمانی نتوانستند در برابر نیروی دریایی بریتانیا مقاومت کنند. حضور عمان در زنگبار و پمبا تا انقلاب ۱۹۶۴ ادامه داشت. هر چند آثار اعراب عمانی در شرق آفریقا از نوادگان پر تعداد اعراب مشخص است که هنوز هم ثروتمندترین و با نفوذترین ساکنان منطقة ساحلی کنیا به شمار می‌روند.
اغلب تاریخ شناسان اعتقاد دارند که دوران مستعمراتی کنیا از زمان تحت الحمایه شدن سلطان زنگبار توسط آلمانها در سال ۱۸۸۵ و تأسیس کمپانی امپراطوری بریتانیا – شرق آفریقا در سال ۱۸۸۸، شروع شده‌است. سپس بریتانیا اقدام به احداث خط آهن اوگاندا – کنیا کرد که با وجود مخالفت قبایل مختلف، بویژه مردم ناندی به رهبری «اورکویوت» از سالهای ۱۸۹۵ تا ۱۹۰۵، موفق به ساخت آن شد.
با آغاز جنگ جهانی اول در اوت ۱۹۲۴، دولتمردان آفریقای شرقی بریتانیا و تانزانیا، توافقنامة آتش بس را امضا کردند که مناطق مستعمراتی دور از جنگ مستقیم باشد. هر چند کلنل پل وان لتو ووربک پس از بدست گرفتن فرماندهی ارتش آلمان، تصمیم گرفت تمامی منابع بریتانیایی را محاصره کند. با شکست دادن نیروی دریایی بریتانیا، آلمانها، تجهیزات بریتانیا را تصرف کردند. او سپس به مدت یازده روز در زامبیا بود تا عهدنامه صلح در ۱۹۱۸ به امضاء رسید. برای خارج کردن وان لتو از سرزمین‌های داخلی، بریتانیا، ارتش هند را به کمک کشتی‌های متعدد به آنجا منتقل کرد. آنها به کارگران بسیار زیادی نیاز داشتند تا تجهیزات و آذوقه را با پای پیاده به مناطق داخلی حمل کنند. سرانجام گروه‌های حمل و نقل شکل گرفتند و بیش از ۴۰۰۰۰۰ آفریقایی، بهای سیاست طولانی مدت را پرداخت کردند.
در اوایل سده بیستم، کشاورزان اروپایی و بریتانیایی در مناطق مرکزی داخلی کنیا ساکن شدند و با کاشت قهوه و چای ثروتمند شدند. در حوالی سالهای ۱۹۳۰، حدود ۳۰۰۰۰ نفر ساکنین این منطقه به خاطر تأثیرشان بر اقتصاد، از نیروهای سیاسی رنج فراوانی می‌کشیدند. منطقه، سرزمین مادری میلیونها نفر از اهالی قبیلة کیکویو بود که طبق قوانین اروپایی زمین نداشتند و مانند کشاورزان دوره گرد زندگی می‌کردند. ساکنان منطقه برای حفظ علایق آنان، رشد قهوه را ممنوع اعلام کردند که این کار باعث افزایش مهاجرت دسته جمعی به شهرها گردید.
در سال ۱۹۵۱، سیر هوراس هکتور هرن که قبلاً رئیس دادگستری سیلان بود، به کنیا آمد و در دادگاه اصلح نایروبی مستقر شد. توتا سال ۱۹۵۴ این مقام را در اختیار داشت. در شب مرگ جورج ششم در ۵ فوریه ۱۹۵۲، هرن، شاهزاده الیزابت را به مراسم شام هتل تری توپس همراه کرد که در آنجا به عنوان ملکه الیزابت انتخاب شد. سپس هرن به همراه ملکه به انگلیس بازگشت.
از اکتبر ۱۹۵۲ تا دسامبر ۱۹۵۹، کنیا شاهد افزایش شورش مائومائو بر علیه قوانین بریتانیایی بود. در ژانویه ۱۹۵۳، ژنرال ارشد هینده، برای فرماندهی عملیات سرکوب شورش انتخاب شد. بعلت نداشتن سیستم اطلاعاتی، ژنرال سر جورج ارسکین بعنوان فرماندة نیروهای استعمارگر انتخاب شد که مشخصاً مورد حمایت وینستون چرچیل بود. دستگیر کردن ژنرال چینی وارویو ایتوته و بازجویی از او باعث شد تا اطلاعات بیشتری راجع به ساختار فرماندهی مائو مائو بدست بیاورند. پس از هفته‌ها برنامه ریزی، عملیات آنویل در ۲۴ آوریل ۱۹۵۴ آغاز شد. در این عملیات نایروبی به محاصره در آمد و ساکنین آن تحت نظر گرفته شدند. در ۱۹۵۳، هومه گارد بعنوان نیروی امنیتی بکار گرفته شد. گارد ویژه که اعضای آن آفریقایی‌های وفادار و نه نیروهای خارجی و بریتانیایی، بودند بعنوان هستة اصلی برنامه‌های دولت برای کنترل مائو مائو فعالیت می‌کردند. در پایان دوران وضعیت اضطراری، گارد ویژه ۴۶۸۶ نفر مائومائورا کشته بود که حدود ٪۴۲ از کل جمعیت آنان بود. دستگیری ددان کیانی در ۲۱ اکتبر ۱۹۵۶ در نیری باعث شکست کامل شورش مائومائو گردید.

تاریخ پس از استعمار
با پايان جنگ جهاني دوم تعدادي از شهروندان كنيايي كه همراه سربازان انگليسي جنگيده بودند، با آراء و انديشه هاي جديد به كشور خود بازگشتند و قيام مائو مائو (Mau Mau) را در سال 1952 ميلادي با تكيه بر تجارب حاصل از جنگ جهاني دوم بر عليه استعمار انگلستان آغاز نموده، سوگند خوردند به هر طريق ممكن زمين هاي اشغال شده را از چنگ سفيدپوستان خارج كنند. اما اين قيام سرانجام در سال 1956 ميلادي به طور كامل سركوب شد.
قانون اساسي كنيا در سال 1960 ميلادي (در دوره استعمار)‌ تدوين گرديد و به دنبال تصويب آن،حزب اتحاد ملي آفريقايي كنيا Kenya African National Union (كانو KANU) شكل گرفت. پس از اينكه استقلال كنيا در سال 1963 ميلادي به رسميت شناخته شد، اين حزب توانست در اولين انتخابات سراسري كنيا كه در همان سال برگزار شد، پيروزي قاطعي را به دست آورد و "جومو كنياتا" دبير كل حزب ابتدا نخست وزير و يك سال بعد از آن، اولين رئيس جمهور كشور لقب گرفت. كنياتا پس از رسيدن به قدرت، يك حكومت مركزي قوي تشكيل و به طور غيررسمي نظام كشور را به نظامي تك حزبي تغيير داده، شروع به انحصار پست ها و اموال عمومي به خانواده و افراد قبيله خود (كيكويو) نمود كه اين امر با اعتراض ساير رهبران حزب كانو مواجه شد.
بالا گرفتن اختلافات در ميان رهبران حزب، منجر به استعفاي اگينگا اودينگا (از رهبران كنيا در زمان استقلال، از موسسان حزب كانو و از اعضاي قبيله لوو) از معاونت رئيس جمهور و كادر رهبري حزب شد. اودينگا در سال 1966 ميلادي حزب جديدي به نام اتحاد مردم كنيا (Kenya People Unity) يا KPU را تشكيل داده و خود را به عنوان اولين گروه مخالف دولت معرفي نمود.
كنياتا ابتدا جوزف مورنبي را جايگزين وي نمود، اما مورنبي نيز پس از يك سال استعفا داد. جايگزين بعدي، دانيل آراپ مويي وزير كشور وقت كنيا بود كه در سال 1967 ميلادي معاون رئيس جمهور شد.
در همين سال سه كشور كنيا، تانزانيا و اوگاندا سازمان خدمات مشترك شرق آفريقا (EACSO) را به منظور توسعه همكاري هاي منطقه اي شكل دادند. اين سازمان بعدها به جامعه اقتصادي شرق آفريقا تغيير نام داد اما تا سال 1977 ميلادي بيشتر دوام نياورد و منحل شد.
جومو كنياتا در سال 1978 ميلادي در سن 88 سالگي درگذشت. حكومت وي در طول اين سال ها دوبار در سال هاي 1969 ميلادي و 1974 ميلادي بدون مخالف توسط پارلمان تمديد شد.
با مرگ وي، دانيل آراپ مويي معاون اول وي از قبيله كوچك كالنجين بر طبق قانون اساسي رئيس جمهور موقت كشور شد. مويي در سال 1979 ميلادي تنها كانديداي رياست جمهوري بود و از آنجا كه بارها توسط كنياتا تمجيد شده بود، با شعار تأسي به راه و روش كنياتا، بدون اينكه مخالفي در پارلمان داشته باشد، برنده انتخابات شد.
مويي شروع خوبي داشت و در ابتداي دهه 1980 ميلادي مبارزه با قبيله گرايي را در دستور كار خود قرار داد. ادينگا را به حزب كانو بازگرداند و مخالفان سياسي را آزاد نمود. وضع اقتصادي كشور نيز رو به بهبود نهاد. اما اين وضع زياد طول نكشيد و علايم شروع فساد دولتي و اداري در كنيا مجدداً ظاهر شده مخالفت ها و اعتراضات به راه افتاد.
در سال 1982 ميلادي دولت مويي از يك كودتا جان سالم به در برد. در اين سال تعدادي از افسران نيروي هوايي ارتش اقدام به براندازي دولت مويي نمودند كه اين كودتا توسط ساير ارتشيان سركوب شده نيروي هوايي منحل شد.
اين كودتا آغازي شد بر تظاهرات ها و اعتراضات عمومي و دانشجويي كه تا مدت ها گريبان گير دولت بود. به دنبال اين حوادث دولت لايحه اي به پارلمان ارائه نمود كه با تصويب آن نظام كشور با اصلاح قانون اساسي به نظامي تك حزبي تغيير كرد و حزب كانو تنها حزب قانوني كشور اعلام شد. بنابراين در انتخابات سال هاي 1983 ميلادي و 1988 ميلادي نيز مويي با كسب تمامي آراء پارلمان در منصب رياست جمهوري باقي ماند.
در اواخر دهه 1980 ميلادي كم كم اعتراضات داخلي و فشارهاي بين المللي دولت را مجبور به پذيرش فعاليت احزاب مخالف نمود و دوران تصدي پست رياست جمهوري به دو دوره پنج ساله محدود گشته و اصلاحات لازم در قانون اساسي صورت داده شد. بدين ترتيب در سال 1992 ميلادي، اولين انتخابات چند حزبي در كشور برگزار شد، اما به دليل انشقاق هايي كه در ميان مخالفان وجود داشت، مويي توانست پست رياست جمهوري را در دستان خود نگه دارد. در انتخابات بعدي نيز كه در سال 1997 ميلادي برگزار شد مويي مجدداً و براي آخرين بار رئيس جمهور كشور شد.
از وقايع مهم دو دوره اخير رياست جمهوري مويي بر كشور مي توان به وقوع چندين درگيري قبيله اي مانند جنگ ميان قبايل كالنجين و كيكويو كه بيش از پانزده هزار آواره بر جاي گذاشت اشاره نمود. آراپ مويي كه بر اساس قانون جديد، اجازه نامزد شدن دوباره را نداشت به اين قانون پايبند مانده و در سال 2002 ميلادي از قدرت كناره گرفت. اما حزب كانو و نامزدي كه مورد حمايت وي قرار مي گرفت به احتمال زياد شانس اول پيروزي در انتخابات محسوب مي شد.
احزاب مخالف كه در دو انتخابات اخير كه ظاهراً به شكلي دموكراتيك برگزار شده بود به دليل تعدد كانديداهايشان نتوانسته بودند پيروز انتخابات شوند در انتخابات سال 2002 ميلادي چاره كار را تشكيل يك ائتلاف قدرتمند ديدند. بر اين اساس گروهي از رهبران حزب كانو كه با كانديداتوري اوهورو كنياتا، نامزد مورد حمايت آراپ مويي، موافق نبودند از اين حزب جدا شده، با پيوستن به ساير مخالفان حزب كانو ائتلاف رنگين كمان ملي National Rainbow Coalition (NARC) را تشكيل داده و موآي كيباكي را كانديداي خود معرفي نمودند.
سرانجام انتخابات سال 2002 ميلادي برگزار شد و موآي كيباكي (كه او نيز يك كيكويو بوده، از زمان استقلال همواره نماينده پارلمان بوده و در هر دو دولت كنياتا و مويي پست هاي سياسي برجسته اي مانند وزارت اقتصاد و معاونت رئيس جمهور داشت) توانست نامزد حزب كانو را شكست داده و خط پاياني بر چهل سال حاكميت اين حزب بر كشور كنيا بكشد.
ائتلاف رنگين كمان ملي پس از پيروزي در انتخابات، دچار اختلافات داخلي شده كم كم به دو دسته عمده به رهبري رايلا اودينگا (پسر اوگينگا اودينگا) و موآي كيباكي تقسيم شد. اين دو دستگي خود را در مبارزاتي كه براي تصويب پيش نويس تازه قانون اساسي شكل گرفت، نشان داد و رايلا اودينگا كه پس از خروج از ائتلاف، حزب جنبش دموكراتيك نارنجي Orange Democratic Movement (ODM) را تشكيل داده بود، توانست رفراندوم قانون اساسي جديد را به شكست بكشاند.
حزب تازه تاسيس ODM مدت زيادي طول نكشيد كه خود به دو شاخه تقسيم شد و گروهي از اعضاي اين حزب به رهبري كالونزو موسيوكا كه در سال 2007 ميلادي از آن جدا شده، شاخه كنياي ODM را با نام ODM-K تاسيس نمودند.
در انتخابات سال 2007 ميلادي، موآي كيباكي كه برخي از متحدان سابق خود را از دست داده بود، با مشاركت باقيمانده آن ها و همچنين اضافه شدن حزب كانو (فقط براي انتخابات رياست جمهوري) ائتلاف جديدي را با نام حزب اتحاد ملي Party of National Unity (PNU) را تشكيل داده، خود به عنوان نامزد حزب در انتخابات شركت نمود. رهبران هر يك از شاخه هاي ODM نيز نامزدهاي حزب خود شده در انتخابات به رقابت پرداختند. در روز 27 دسامبر سال 2007 ميلادي سه انتخابات پارلماني، منطقه اي و رياست جمهوري همزمان برگزار شد. دو انتخابات پارلماني و منطقه اي به خوبي برگزار شده و نتيجه آن مورد پذيرش قرار گرفت، اما انتخابات رياست جمهوري با اتهاماتي مبني بر تقلب و تخلف مواجه شده، نتيجه آن (كه بر اساس اعلام كميسيون انتخابات با پيروزي كيباكي همراه بود) از سوي احزاب مخالف دولت رد شد. با رد نتيجه انتخابات از سوي اودينگا حاميان وي به خيابان ها آمده، با طرفداران رئيس جمهور و نيروهاي امنيتي درگير شدند. اين درگيري ها به خشونت انجاميد و در طي آن صدها تن كشته و بيش از 300 هزار نفر نيز بي خانمان و آواره شدند. (آمار كشته شدگان اين حوادث متفاوت است اما گفته مي شود در حدود 1300 تن در اين وقايع جان خود را از دست دادند.)
سرانجام اين درگيري ها با وساطت هاي بين المللي به پايان رسيد و رايلا اودينگا و موآي كيباكي با ميانجي گري كوفي عنان، دبير كل سابق سازمان ملل و تني چند از چهره هاي برجسته آفريقايي موافقت نامه اي به منظور تقسيم قدرت امضا نموده و پست نخست وزيري را به ساختار قدرت كشور اضافه نمودند تا رايلا اودينگا متصدي آن گردد. همچنين دو پست معاونت رئيس جمهور نيز تشكيل شده و بر تعداد اعضاي كابينه نيز افزوده شده و قرار شد هر يك از احزاب به تناسب تعداد آرايشان در انتخابات پارلماني وزارتخانه هايي را تصاحب كنند.
در ماه مارس سال 2008 ميلادي پارلمان اصلاحات لازم را صورت داد تا اين موافقت نامه صورتي قانوني به خود بگيرد.
در 17 آوريل سال 2008 ميلادي، كابينه جديد بر اساس اين موافقت نامه سوگند ياد نمود. از مفاد ديگر اين موافقت نامه، ايجاد اصلاحات سياسي در ساختار سياسي كشور بود كه از مهم ترين آن ها بايد به اصلاحات ارضي، اصلاح نظام انتخاباتي و اصلاح قانون اساسي اشاره نمود. از اين ميان اصلاح قانون اساسي به پايان رسيده، قانون اساسي جديد در رفراندوم چهارم اوت (برابر با سيزدهم مرداد) سال جاري به تصويب مردم رسيد.