در سال 1975 مستقل و در 1978 قانون اساسی آن تصویب و کشور به صورت فدرال تقسیم و در 3 ماه اوت 1975 کودتای نظامی به رهبری سویهیل صورت گرفت و رییس جمهور عبرالله که 13 ماه مه رهبر جبهه اتحاد ملی بود سرنگون و خود علی سوهیلی رییس جمهور گردید.
اولين ساكنان كومور مهاجران آفريقايي بوده اند كه با قايق به اين جزيره رفت و آمد مي نمودند. اين جزيره به تدريج شروع به افزايش جمعيت كردو قوميت هاي مختلف از سواحل آفريقا، خليج فارس، اندونزي و ماداگاسكار به اين جزاير مهاجرت نمودند.
در قرن نه و ده ميلادي قوم سواحيلي در اين جزاير شروع به زاد وولد نمودند. در مابين قرن هاي يازده تا پانزده ميلادي تجارت با جزيره ماداگاسكار و كشور هاي خاورميانه افزايش يافته و روستاهاي كوچك از بين رفته وشهرهاي كنوني گسترش پيدا كردند.
تجار عرب به تدريج وارد اين جزاير شده و اسلام را به آن وارد نمودند. در اين ميان مساجد زيادي در اين جزاير احداث گرديد. اين جزيره به محل توقف و مسير تجارتي مهم براي ايرانيان و اعراب بدل گرديده بود.
تجار شيرازي در سواحل شرقي آفريقا و خاور ميانه يك پايگاهي را در اين مجمع الجزاير براي خود ايجاد نموده بودند.تسلط اعراب بر جزيره زنگبار سبب گرديد تا كومور نيز به شدت تحت تاثير اعراب قرار گرفته و در مذهب، فرهنگ و معماري نيز از اعراب الگو برداري نمايد. اين مورد در قرن شانزدهم و هفدهم به صورت گسترده در اين كشور ملاحظه مي شود.
پرتقالي ها در سال 1505 ميلادي اولين اروپايياني بودند كه به اين جزاير وارد شدند. در سال 1793 ميلادي افرادي از مادگاسكار اين جزاير را در جهت برده داري مورد حمله و هجوم قرار دادندو كنترل بسياري از مناطق را در دست گرفتند. فرانسه در سال 1841 ميلادي قوانين استعماري را در اين كشور پياده نمود. در اين سال مابين فرانسه و حاكم ماداگاسكاري جزيره مايوت قرادادي منعقد و اين جزيره تحت حاكميت فرانسه قرار گرفت.
در سال 1886 ميلادي جزيره موئلي نيز تحت حمايت فرانسه قرار گرفت. جزيره گراند كومور نيز در همين سال به قيموميت فرانسه تن داد. بدين ترتيب در سال 1912 ميلادي جزاير كومور به صورت مستعمره فرانسه درآمد.
نقشه اي از كومور در قرن نوزدهم ميلادي
پس از الحاق به فرانسه اين كشور سعي نمود تا جزيره مايوت را به محل كشت شكر تبديل نمايد. در ساير جزاير نيز به تدريج ساير محصولات كشاورزي از قبيل وانيل، قهوه، الياف هاي مختلف و ساير محصولات شروع به كشت نمودند.
در سال 1975 ميلادي رفراندومي در اين چهار جزيره مبني بر ادامه استعمار فرانسه برگزار گرديد كه سه جزيره با آن مخالفت نموده و تنها مردم جزيره مايوت موافقت نمودند تا تحت استعمار فرانسه باقي بمانند. در تاريخ 6 جولاي سال 1975 ميلادي مجلس كومور قانوني را به صورت يك طرفه تصويب و در آن اعلام استقلال از فرانسه نمود. " احمد عبدالله " اعلان استقلال نموده و اولين رئيس جمهور اين كشور گرديد.
دوران پس از استقلال در اين كشور با حوادث سياسي بسياري روبرو بوده است. در تاريخ 3 آگوست سال 1975 ميلادي مزدور نظامي به نام " باب دنارد " با حمايت ساسي مشاور ارشد دولت فرانسه به نام " جك فوكارت " و دولت فرانسه با يك كودتاي نظامي" احمد عبدالله " را از حكومت خلع و فردي به نام " محمد جعفر " را جايگزين او نمودند.
در ژانويه سال 1976 ميلادي محمد جعفر جاي خود را به وزير دفاع خود علي صالح داد. در اين زمان مردم جزيره مايوت بر جدايي از فرانسه راي منفي دادند. در دسامبر سال 1974 ميلادي اولين رفراندوم برگزار و 63% مردم از ارتباط با فرانسه حمايت نمودند. در ششم ژوئیه 1975 کومور سر از فرمان فرانسه برتافت و مجلس نمایندگان کومور به طور یکجانبه استقلال کومور را اعلام نمود. در فوريه سال 1976 ميلادي دومين رفراندوم برگزار و 99% مردم، خصوصاً مسیحیان به حمايت فرانسه از مايوت راي مثبت دادند. سه جزيره باقي مانده كومور تحت كنترل صالح قرار گرفت. با اجراي سياست هاي كمونيستي توسط صالح ارتباط كومور با فرانسه رو به تيره گي نهاد. در تاريخ 13 مي سال 1978 ميلادي دنارد به كومور بازگشت تا صالح را سرنگون نموده و عبدالله را به جاي او رئيس جمهور كومور كند. کشورهای اروپای غربی، عربستان، عراق و کویت از سال ۱۹۷۹م با رژیم کومور روابط سیاسی و بازرگانی برقرار نمودند و کومور که پس از کودتایی، از سازمان وحدت آفریقا خارج شده بود در این تاریخ به عضویت آن درآمد.
در اين زمان حمايت فرانسه و آفريقاي جنوبي از اين كودتا مشهود بود. در مقابل سياست هاي صالح، عبدالله سياستي متناقض از او در پيش گرفت و سياست هاي اسلامي و ديني را در اين كشور جاري نمود.
او نام كشور را به جمهوري فدرال اسلامي كومور تغيير داد. تا سال 1989 ميلادي او در قدرت بود تا اين كه در اين سال به علت ترس از كودتاي احتمالي توسط نظاميان، او بيانيه اي صادر و در آن از فرمانده گارد رياست جمهوري كه دنارد بود تقاضا نمود تا نيروهاي نظامي را خلع سلاح نمايد.
چند روز بعد از انتشار اين بيانيه، عبدالله در دفتر خود توسط افسران نظامي كشته شد. اگرچه در اين جريان دنارد نيز مجروح گرديد ولي او مظنون به اين شد كه سربازي كه عبدالله را به قتل رسانده است تحت امر دنارد بوده است.
چند روز بعد از اين واقعه دنارد،كومور را به كمك چتر بازان فرانسوي به مقصد آفريقاي جنوبي ترك نمود. پس از اين جريان " محمد جوهر " برادر ناتني صالح كنترل كشور را در دست گرفته و تا سپتامبر سال 1995 ميلادي رئيس جمهور اين كشور بود.
در اين سال دنارد به كومور بازگشته و طرح ريزي اجراي يك كودتاي ديگر را برعهده گرفت. در اين زمان فرانسه به كمك نيروهاي چتر باز و توسط دنارد جوهر را از حكومت خلع و "تاكي عبدالكريم" را جايگزين او نمودند.
او اداره كشور را از سال 1996 ميلادي در دست گرفت ولي در زمان رياست جمهوري او مشكلات بسياري از قبيل بحران نيروي كار و تجزيه طلبي كشور را فرا گرفته بود.
در سال 1997 ميلادي جزاير آنژوان و موئلي از كومور اعلام استقلال نموده و تلاش داشتند تا قوانين فرانسه را در اين جزاير حاكم نمايند. اما فرانسه با درخواست اين جزاير مخالفت نموده و درگير خونيني بين نيروهاي فدرال و شورشيان درگرفت.
اين حوادث تا زمان مرگ او نوامبر سال 1998 ميلادي ادامه داشت. بعد از مرگ او فردي به نام " تاج الدين ماسوندي " كنترل امور را در دست گرفت.
در اوريل سال 1999 ميلادي كلنل " غزالي عثماني " كه فرمانده ارتشيان كومور بود در يك كودتاي نظامي كنترل امور را در دست گرفت. اين كودتا هجدهمين كودتا در تاريخ كومور پس از استقلال از فرانسه بود.
اما عثماني در كنترل امور ناتوان نشان داده و نتوانست كنترل جزاير را در دست گيرد. اتحاديه آفريقا تحت حمايت تابو امبكي رئيس جمهور آفريقاي جنوبي، تحريماتي را بر عليه آنژوان اعمال نمود تا برنامه آشتي در اين كشور را تحت تاثير قرار دهد.
نام كشور در زمان عثماني به اتحاديه كومور تغيير پيدا كرده و سيتم جديدي از خودمختاري سياسي براي هركدام از جزاير و يك حكومت واحد براي هر سه جزيره تعيين گرديد. در رفراندوم سال 2001 ميلادي اين مورد مورد موافت مردم قرار گرفت.
عثماني در انتخابات سال 2002 ميلادي پيروز گرديد. انتخاب او با فشارهاي بين المللي روبرو گرديد زيرا معتقد بر اين بودند كه او با قدرت نظامي در انتخابات پيروز گرديده و انتخابات به صورت دموكراتيك برگزار نشده است. در انتخابات سال 2006 ميلادي عبدالله محمد سامبي پيروز گرديد. يك فرد مسلمان كه به دليل فراگيري تعليمات اسلامي در ايران در كومور با نام " آيت الله " معروف است.
غزالي به نتيجه انتخابات احترام گذاشته و براي اولين بار در تاريخ اين مجمع الجزاير انتقال قدرت بدون كودتا صورت گرفت.