گینه بیسائو با نام "پادشاهی گابو "بخشی از امپراتوری مالی بوده است. در قرن 15ميلادي، پرتغالي‌ها وارد اين منطقه شدند و به استثمار (استعمار) آن پرداختند. 2 قرن بعد، استثماگران تجارت برده را در غرب آفريقا به راه انداختند و در 1765ميلادي شهر بيسائو را به عنوان يك پايگاه نظامي و مركز تجارت برده بنا كردند. این کشور تا پيش از استقلال "گینه پرتغال " نام داشت.
میان سال های 1950 تا 1960 گروه های کوچک میهن پرست بوجود آمد و سرانجام حزب آفریقائی خواستار استقلال گینه و دماغه سبز و کشور 1956 دارای استقلال شد. و از 1960 کار مبارزات استقلال طلبانه اوج فراوان گرفت و تا 1972 دو سوم کشور از چنگال استعمار پرتغال خارج شد و در 1973 مجلس ملی انتخاب و در سپتامبر 1973 استقلال گینه بیسائو اعلام شد.
آميكال كابرال پدر استقلال گينه بيسائو، در سال 1956ميلادي " حزب آفريقايي استقلال گينه و دماغه سبز" (PAIGC) را تأسيس كرد و مبارزات دامنه‌داري را براي استقلال گينه بيسائو آغاز كرد. وي در سال 1973ميلادي كشته شد، اما مبارزات او به ثمر نشست و در همان سال - ۲۴ سپتامبر ۱۹۷۳ميلادي- گينه بيسائو به استقلال سياسي رسيد و برادر ناتني‌اش لوئيس كابرال به عنوان رئيس شوراي دولتي جمهوري گينه بيسائو به قدرت رسيد. گينه بيسائو از ابتداي استقلال، با هرج‌ و مرج سياسي و نظامي مواجه شد و دوران سختي را تجربه كرد.
در سال 1980ميلادي، «جوآ برناردو ويرا» معروف به «نينو» كه نخست وزير و فرمانده سابق نيروهاي مسلح كشور بود، كودتا نموده و كنترل امور را در دست گرفت.
ويرا رئيس جمهور سابق گينه متولد سال 1939 ميلادي و از سال 1980 تا 1999 ميلادي، به مدت 19 سال و سپس از سال 2005 تا سال 2009 ميلادي نيز رئيس جمهور اين كشور بوده است. در خلال اين سال ها در سال هاي 1983، 1985و 1993 ميلادي كودتاهايي عليه وي صورت گرفت كه همگي شكست خوردند.
در سال 1994ميلادي اولين انتخابات عمومي در گينه بيسائو برگزار گرديد و خود او به عنوان رئيس جمهوري انتخاب شد. اين انتخابات با اعتراض گسترده مخالفان روبه‌رو و منجر به شورش نظامي و در نهايت جنگ داخلي گرديد. ويرا در انتخابات سال 1998ميلادي "آنسومان مين " را شكست داد. مين و نيروهاي طرفدار او پس از اطلاع از نتايج انتخابات شورش نمودند، در جنگ داخلي مابين نيرو هاي طرفدار آنسومان مين و ويرا در گيري شديدي بروز كرد، اما در نهايت در نوامبر سال 1998 ميلادي بين آنها پيمان صلحي امضا گرديد و حكومت انتقالي جهت آماده سازي انتخابات جديد در سال 1999 ميلادي تشكيل شد.
در 6 مي سال 1999 مجدداً در گيري در بيسائو آغاز گرديد و نيروهاي طرفدار ويرا در 7 مي محاصره گرديدند. همين موضوع سبب فرار ويرا به سفارت خانه پرتغال شده و او به پرتغال تبعيد گرديد. در همان سال، ويرا از قدرت بركنار و سال بعد يك دولت انتقالي تشكيل گرديد.
در انتخابات سال 2000ميلادي، كوما يالا رهبر مخالفان نينو از حزب PRS به قدرت رسيد، ولي در سال 2003 ميلادي، كودتاي نظامي در اين كشور انجام و يالا از قدرت خلع گرديد.در 28 سپتامبر سال 2003 ميلادي، تاجري به نام " هنريك روسا" به عنوان رييس جمهور جديد كشور سوگند ياد نمود. او مورد حمايت تعداد زيادي از سياسيون و تجار كشور بود. در 28 و 30 مارس سال 2004 ميلادي، انتخابات پارلماني در كشور با نظارت نهادهاي بين المللي برگزار گرديد كه اعلام نمودند كه انتخابات به صورت شفاف و عادلانه برگزار گرديده است.
در 9 مي سال 2004 ميلادي، " كارلوس گومز جونيور" به عنوان نخست وزير كشور انتخاب گرديد. انتخابات جديد در تاريخ 19 جون سال 2005 ميلادي برگزار شد. در اين انتخابات سانها، ويرا و لالا شركت داشتند. در دور اول سانها 35 % آراء و ويرا 28% آراء را كسب نمود. در دور دوم كه در تاريخ 24 جولاي سال 2005 ميلادي برگزار شد، سانها 47% آراء و ويرا 52 % آراء را كسب و به مقام رياست جمهوري رسيد.
در 23 نوامبر سال 2008 ميلادي سربازان شورشي به منزل او حمله نمودند، اين واقعه اندكي بعد از اين رخ داد كه انتخابات پارلماني در اين كشور كه در ماه نوامبر برگزار گرديد به پيروزي حزب مستقل گينه انجاميد. در نبرد سه ساعته كه مابين نيروهاي شورشي با نيروهاي محافظ ويرا رخ داد به او آسيبي نرسيد. در تاريخ يك مارس سال 2009 ميلادي ژنرال ناوايه فرمانده ارتش كه مهمترين رقيب ويرا بود با انفجار بمب كشته شد. اندكي بعد از اين واقعه ويرا با شليك گلوله در تاريخ 2 مارس به قتل رسيد بعد از اين موضوع، سخنگوي ارتش اين كشور اعلام نمود كه ويرا توسط نيرو هاي طرفدار ناوايه به قتل رسيده است.در تاريخ 10 مارس 2009 ميلادي مراسم خاك سپاري او برگزار گرديد و هيج رهبر و رئيس جمهوري در آن شركت نداشت. سانها رئيس جمهور جديد گينه بيسائو از تاريخ 1388.06.17 با كسب 63% آراء به عنوان رئيس جمهور اين كشور انتخاب گرديده است. او عضو حزب گينه مستقل بوده و رئيس مجلس ملي گينه از سال 1994 تا 1999 ميلادي بوده است. قبل از آن نيز در وزارت خانه هاي متعددي به عنوان وزير مشغول به كار بوده است. در انتخابات سال 1999 ميلادي نيز او به عنوان كانديدا شركت نمود و در دور اول كه در تاريخ 28 نوامبر برگزار شد، با كسب 23% آرء رتبه دوم را كسب كرد. در دور دوم كه در تاريخ 16 ژانويه سال 2000 ميلادي برگزار شد، تنها 28% آراء را كسب و آقاي كومبا يالا با كسب 72% آراء اول شد.